此时已是六月，距离第二次关中之战的爆发已经过去五月有余。

孙传庭率军跨过黄河，来到韩城县，逐步了解到了陕西的情况。

马光玉和孙昂率部到达乾州城下后，发现乾州城上布置了不少火炮，回回炮的抛投射程远远逊色于火炮，使得义军无法对城池进行攻坚，只能与守城官兵对峙了下来。

天长日久，天气逐渐转暖，马光玉人马密集的军营中，人人垃圾乱扔、随处便溺，使得整个军营臭气熏天、蝇虫滋生、蛇鼠横行，最终滋生了瘟疫，并大规模地爆发开来。

马光玉一发现情况，便准备撤回邠州。

孙昂赶紧前来献策：“马爷，现在正是破敌良机啊！”

马光玉一脸疑惑：“我军眼下瘟疫横行，再不班师及时处置，恐怕有全军覆灭的危险，何来破敌良机？”

孙昂道：“属下曾听闻三百年前蒙古人远征西方外夷，曾使用回回炮向敌军驻守的坚城投掷染病尸首，传播瘟疫以此来破敌。”

马光玉闻言眉头深皱：“此种战法是不是过于……”

“马爷，以前那些官府老爷就从来没把我们当人过，我们为什么要对他们大发慈悲呢？”

马光玉深深看了孙昂一眼，随即点点头道：“就依照你的方法，去做吧。”

尸体和石炮比起来要轻得多，回回炮可以安然架设在守城火炮的射程之外将尸体投射入城。

那天漫天尸体被投入乾州城。

乾州守将崔尔达看到那些紫黑腐烂的尸体时，已经大概猜到了义军的意图，便立刻组织人马在城中遍洒石灰消毒，收敛尸体集中火化，以遏制瘟疫传播。

但结果不尽如人意，守城官兵还是遭到感染，很快就有人开始发病。

马光玉和孙昂便守在城外，坐等城中官兵大规模发病死亡，他们就可以兵不血刃拿下乾州城。

然而，恶人自有天收，还没等到城中守军撑不下去，孙昂自己就先感染发病了，发病仅三天时间就吐血而亡。

马光玉军中死亡人数越来越多，士卒尸首堆叠，烧都烧不过来。

无奈之下，马光玉下令撤军，离开前将所有患病士卒和尸体锁在营寨之中，直接放了一把火。

而在凤翔府方向的马守应义军主力，通过与马光玉部之间的斥候和传令兵传播，也染上了瘟疫。

原本坚守在五里坡的周遇吉一见这情况，立刻带着人马撤退到凤翔府治凤翔县据城坚守。

马守应便带着大军包围了城池。

但军中瘟疫蔓延，士气低落，马守应也实在是无力驱使底下的将士继续进攻，便在凤翔府郊外驻扎下来，先行处置瘟疫问题。

而罗汝才在占据耀州城后，才收到高迎祥兄弟被俘上京、闯王大军溃散的消息，大为震惊，更是不敢继续深入关中，一直停留在耀州观望，倒是让他的队伍因此基本没有受到瘟疫的影响。

在蓝田方向的李自成比罗汝才更迟一些收到消息，直接引军撤走，退回商洛。

于是，刘应遇、邢千言和崔尔达腾出手来，合力对付盘踞在咸阳和醴泉的义军。

在醴泉县的王自用和王嘉胤得知马光玉部撤走后，大为惊慌，俩人一合计决定弃城去咸阳与革左五营合兵。