但司马昱头铁，以谢奕的弟弟，吴兴太守，谢万，为西中郎将，豫州刺史，都督司、豫、冀、并四州诸军事；郗昙为北中郎将，徐、兖二州刺史，都督徐、兖、青、冀、幽五州诸军事。两军东西齐出，两路伐燕。结果大败而归。

谢万临阵脱逃被废为庶人，郗昙因病之故，被降职。而谢万被废后，担负着陈郡谢氏最后希望的谢安只能出来步入仕途了。

而北方，燕国占据了淮北，慕容儁的野心再一次膨胀。开始在全国大规模征兵。

公元357年，燕帝慕容儁征兵无数，广备粮草，打造兵器，准备统一全国。消息传出，秦、晋两国举国惊骇。

而当时的前秦因苻生极端残暴，苻健的侄子苻坚在汉、氐大臣的支持下，杀了苻生上位。因为刚刚经历了一场政变，苻坚去帝号，自称大秦天王。

晋穆帝司马聃也去帝号称王，不敢称晋，自称“大岛夷国”，两年以后才敢恢复帝号，复称晋国。就因为晋穆帝的这一举措，整个南四朝被北方人骂了近两百年的“岛夷”。

正当慕容儁踌躇满志，感受着大燕国名义上统一了中华的时候，一场大病夺去了他的生命。公元358年正月，慕容儁病逝，时年42岁。十一岁太子慕容暐（wei三声）继位，前秦开始走下坡路。慕容恪的部队和慕舆根的部队在皇宫内外大战了一场，慕舆根兄弟被擒斩，叛乱由此平息。

光阴荏苒，公元365年，慕容儁的弟弟慕容恪包围洛阳城，从东晋手上拿回了这座城。

面对事态危急，相王司马昱与桓温在洌洲会面，命他移镇姑孰，准备征讨之事。可是，就在这个节骨眼上，当了皇帝才四年的晋哀帝司马丕死了，晋廷又乱成了一锅粥，救洛阳之事不了了之。

由于晋哀帝仅有一子在他生前就已夭折，所以皇位只能由他的同胞弟弟琅邪王司马奕继承。兴宁三年（365）二月，司马奕即皇帝位，是为晋废帝。

十月，司马勋起兵反叛东晋，自称梁益二州牧、成都王。十一月，司马勋带兵进入剑阁，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐弃城逃跑。十一月十五日，司马勋在成都包围益州刺史周楚。桓温上表任命鹰扬将军、江夏相朱序为征讨都护，派他率军前去救援周楚。

公元366年，五月，朱序、周楚在成都击败司马勋的部队，擒获司马勋及其同党，将司马勋和其子押送到桓温大本营姑孰，桓温下令把他们全部斩首，并将司马勋传首京师建康。

而在北方，公元365年夏，前秦爆发了一场反对苻坚的暴乱，史称“五公之乱”。苻坚心思放在平乱上。

公元369年，燕慕容恪逝世，桓温率北部5万人进行第三次北伐，出徐、兖，连战皆捷。后以粮运不继退军，途中被前燕打败，死者3万余。

公元373年，司马昱便病逝，享年52岁。东晋第九位皇帝司马曜便登基了，改元宁康。

不久桓温病死，谢安开始执政。他实行“镇以和靖，御以长算”的政策，弘大纲，去小察，深得朝野拥护。当时，执掌军政大权的桓冲(桓温弟)比较顾全大局，谢安后来让桓冲率重兵镇守荆州，负责西线防守，又用兄子谢玄为兖州刺史，让他招募在京口的北方流民和江淮民兵，训练一支精锐的新军，号为“北府兵”。由此，东晋进入了相对稳定的时期。

北方，苻坚也开始了改革。提起苻坚，人们第一印象都是被吓得风声鹤唳、草木皆兵，淝水之战被以少胜多，狼狈不堪。但必须承认，他也是有可取之处的，他有三点值得拿出来：一、统一北方。二、推行汉化。三、通西域。