翌日，朱祁镇驾崩，享年三十八岁，谥号法天立道仁明诚敬昭文宪武至德广孝睿皇帝，庙号英宗，葬于裕陵。
朱祁镇第一次在位时（正统年间），起初由三杨主导的内阁及勋贵张辅等辅政，朱祁镇则起用宦官王振掌司礼监来加以制衡。
王振教朱祁镇以重典御下，防大臣欺蔽，于是朱祁镇大肆贬斥、逮系、杖责、荷校朝中勋贵大臣，最终在正统后半期形成了王振专权的局面，开启有明一代宦官专擅国政之先河。
不仅如此，朱祁镇还坚持镇守太监制度，并在正统十三年（1448年）命曹吉祥、王瑾监督神机营火器，使宦官取得监枪特权。
翌年又命太监金英同三法司堂上官会审重囚，又让宦官干预司法。
总之，自正统以后，明朝的权力结构出现重要变化，经过永乐到宣德年间酝酿的宦官政治正式形成，尤其是司礼监稳定地保持了对朝政的影响力，从而为某些特殊时刻“专权”宦官的出现提供了温床。
朱祁镇第二次在位期间（天顺年间），起初依靠徐有贞、石亨、曹吉祥等夺门功臣，不过徐有贞很快受到排挤，接着又是石亨失势，曹吉祥孤注一掷，发动政变，结果朱祁镇镇压。
朱祁镇又重用李贤为首的阁臣，并正式确立了内阁首辅之职，从此内阁政治出现不断发展的势头，由此奠定了宦权与阁权之间彼此制约的格局。
朱祁镇复辟后，在缺乏王振这种心腹辅佐的情况下，担心朝臣结党营私，便倚锦衣卫为耳目，主要有门达和逯杲二人。
门达相对宽和，而逯杲办事更加严厉，石亨、石彪叔侄的罪状就是由逯杲查出。
他自遣校尉侦视四方秘事，送门达镇抚司处锻炼成狱。
校尉所至，总兵、镇守、巡抚、巡按、三司和府州县官无不畏恐，虽贵为亲藩也在所不免，不得不大量行贿以图免罪。
天顺四年（1460年），各地官员到京师朝觐，朱祁镇欲借此整饬吏治，逯杲、门达便顺承旨意，对朝觐官员深入访察，于是大半的官员都获罪受处分。
翌年，逯杲死于曹钦之乱，门达得势，效法逯杲，派锦衣卫旗校于各地，于是告讦者日盛，臣民皆谨小慎微。
朱祁镇严察臣下，缉事校尉则是无所不至，以致镇抚司的现有监狱人满为患。
门达遂奏请在城西武邑库隙地增盖狱房。
不过鉴于逯杲得罪武官被杀的教训，门达不纠察武官，而专门针对文官，文官稍微犯事，如被侦知，即遭重惩，连重臣李贤及朱祁镇的恩人袁彬都曾被门达的诬告。
天顺七年（1463年）九月，朝野对锦衣卫作威作福的不满到达极点，门达在自承管束不严之罪，朱祁镇赦免了他。
朱祁镇的祖父明仁宗曾试图还都南京，因此将南京诸衙门定为中央机构，北京诸衙门皆冠以行在二字，寓意北京只是皇帝临时所在的地方，迟早要迁回南京。
不过他还没来得及回到南京就去世了，宣宗却并未改变这种做法。
直到正统六年（1441年）八月十三日，宁波知府郑珞上疏请将北京由行在升为京师，虽然被礼部尚书胡濙以不可轻改太宗（朱棣）所定为由否决 。
但到了十一月初一日，朱祁镇正式下令去掉北京诸衙门的行在二字，南京诸衙门一律加上南京二字，正式确立了北京为京师、南京为陪都的地位。
天顺二年（1458年），朱祁镇规定每年霜降后，三法司同众官会审重囚，由此确立了朝审制度。
天顺年间，朱祁镇在皇室内部做了一些被称为“善政”的事。
天顺元年（1457年）十月二十六日，他下令释放了被拘禁五十余年的“建庶人”朱文圭（建文帝幼子），让他居住在凤阳，每月提供廪饩。
在生母孙太后死后，他恢复了被无故废黜的父亲原配胡善祥的皇后位号。
临终前又废除嫔妃殉葬的祖制 ，这些举动被后世评为“盛德之事，可法后世”。
朱祁镇在位时，因失去土地而流离失所的流民成为明朝一大社会痼疾。
朱祁镇登极诏就要求流民复业，蠲免亏欠税粮，免其差徭二年，已啸聚山林者赦免其罪，同时禁止隐占人口田地。
这表明明廷对流民采取了缓和的政策。
正统六年（1441年），朱祁镇大赦天下，其中对流民则作了更大的让步。
除赦免并免拖欠钱粮外，更延长免除杂泛差役期为三年，同时规定“私借债负”亦可在复业三年之后“酬还原本，不许加利”，对“离乡年久，产业已成”不愿回乡的流民，允许在所在地报官附籍，而且有权分得当地的撂荒田地。
天顺年间，他对流民依然以“抚”为主，并没有像成化年间那样采取强硬的驱逐、押解、勒令返籍的对策，因此社会矛盾不致激化。
朱祁镇在位时，逐渐确立了明代军事体制中“以文制武”的原则，出征、边防等军务的主导权均逐渐从武臣转移到文臣。
正统二年（1437年）正月，鉴于鞑靼阿台汗屡次骚扰甘肃，朱祁镇派文臣王骥处理甘肃边务，抵御鞑靼。
有人认为此事应由总兵官（武臣）负责，朱祁镇不听。
正统五年（1440年）十一月，议出兵麓川，张辅等建议仍沿用武臣挂帅、文臣参赞的祖制，但朱祁镇最后还是以王骥总督军务。
王骥由此成为明代第一位正式受命专征、全权负责的文臣。
正统七年（1442年）十一月，因辽东边备废弛导致蒙古、女真侵犯，朱祁镇命王翱提督辽东军务。
正统八年（1443年）九月，朱祁镇命监察御史李纯巡抚辽东，专门整理屯田之事。
天顺二年（1458年），升陕西布政司左布政使芮钊、山西布政司右布政使陈翌、山东布政司右布政使王宇为都察院右副都御史，分别巡抚甘肃、宁夏、宣府。
至此，朱祁镇之前仅限于内地的巡抚制度也推广到边地，并成为定制。