据传朱祁钰对待朱祁镇十分刻薄，每逢朱祁镇生日和元旦这两个节日，礼部都按例上奏请朝贺太上皇，朱祁钰一概不允，对朱祁镇的供奉也很不周到，以致钱皇后不得不做些针线活，让人带到外面出售，来换取一些食物和日用品。
不过，朱祁镇虽被软禁，但其子朱见深还是皇太子。
朱祁钰为了确保自己的后代坐上皇位，在王文为首的大臣的支持下，于景泰三年（1452年）五月降朱见深为沂王，改立自己的儿子朱见济为太子。
而在易储不久后的金刀案更是如实反映出朱祁镇当时的处境。
朱祁镇曾将一个金绣袋和一把金刀赏给伺候自己的御用监少监阮浪，阮浪又将其转赠自己门下的皇城使王瑶。
锦衣卫指挥使卢忠见袋、刀非同凡常，便趁机偷走，密告尚衣监太监高平，高平即令校尉李善举报阮浪密奉上皇之命，以袋、刀潜结王瑶，图谋复辟。
朱祁钰大怒，命将阮浪、王瑶逮下诏狱审讯，令卢忠作证，卢忠感到害怕，不愿卷入其中，便听从算命先生仝寅的建议，装疯卖傻，最终三人均未招认，其中王瑶被凌迟处死，阮浪死于狱中，卢忠被贬至广西（后与高平皆被凌迟处死），朱祁镇也逃过一劫。
景泰六年（1455年）夏，高平又向朱祁钰建言南城树多，恐生意外，请求全部砍伐，朱祁钰听从，朱祁镇连乘凉的地方都没有了，兄弟之间由此嫌隙更深。
朱见济在立太子后不到一年就死去了，此后朱祁钰再也没有生过儿子，为了生儿子，他沉湎女色，使身体每况愈下。
景泰七年（1456年）底，朱祁钰病倒，以致让武清侯石亨代他祭太庙，翌年正月十三日又让石亨代他祭天。
而石亨知道朱祁钰已经咯血，时日无多，便与都督张轨、左都御史杨善、太监曹吉祥密谋朱祁镇复辟，接着，他们一边与南宫的朱祁镇秘密接头，一边找左副都御史徐有贞谋议。
与此同时，于谦为首的大臣则主张复立沂王朱见深，大学士商辂起草了相关奏疏，在正月十六日收集了百官签名，准备第二天早上奏请。
石亨、徐有贞闻讯，决定抢先行动，于三更领军向南宫进发。
由于石亨掌皇城门匙，因此轻易进入皇城，用巨木撞开南宫宫门，朱祁镇燃烛出见，石亨、徐有贞跪地请求复辟，随后军士备好轿子，徐有贞扶朱祁镇上轿，到天亮时行至奉天门，升座受贺。
朱祁镇对百官说：“卿等以景泰皇帝有疾，迎朕复位，众卿仍旧用心办事，共享太平。”
群臣皆呼万岁，其后又在文华殿命陈循与徐有贞起草宣谕。
在午门向百官宣谕完毕后，于谦、王文就从班次中被抓起来，与朱祁钰亲信的司礼监太监王诚等都被投入锦衣卫狱中。
于谦、王文被诬陷谋立襄王世子。
朱祁镇认为“于谦实有功”，犹豫不决，徐有贞提醒“不杀于谦，此举（复辟）为无名”。
朱祁镇遂决定处死于谦等人。
正月二十一日，朱祁镇正式昭告天下，改当年为天顺元年，在诏书中指责朱祁钰“攘位”以及幽禁自己等种种失德。
二月初一日，以孙太后名义废朱祁钰为郕王，迁居西内。
十八天后，朱祁钰死去，朱祁镇以亲王礼安葬，辍朝二日，赐谥号为戾。
朱祁镇复辟后，除了杀于谦、王文及朱祁钰的亲信太监外，还继续清算之前在奉迎、易储等问题上得罪过他的人，为王振平反，同时重用拥戴他复辟的徐有贞、石亨、曹吉祥等人。
不久后，这些夺门功臣就互相倾轧。
先是徐有贞裁抑曹吉祥、石亨等的贪横，曹吉祥让小宦官偷听朱祁镇和徐有贞的秘密谈话，接着自己又在朱祁镇面前提到这些话，并称是从徐有贞那里听来的，从而动摇朱祁镇对徐有贞的信任。
其后御史利用天象示警来弹劾奸佞曹吉祥、石亨，两人向朱祁镇哭诉，称弹劾他们的御史张鹏系朱祁钰亲信太监张永之侄，暗示此为朱祁钰余党反攻倒算，朱祁镇便决定惩治这些言官，进而牵涉到其幕后主使是徐有贞及另一阁臣李贤，两人便被排挤出朝，时为天顺元年（1457年）六月。
不过，朱祁镇并非不知曹、石的跋扈，又在不久后重新起用李贤，抑制曹、石，于天顺二年（1458年）正月贬斥石亨的党羽兵部尚书陈汝言。
天顺三年（1459年）八月又在锦衣卫指挥使门达和指挥佥事逯杲的协助下惩处了石亨之侄石彪，年底惩处石亨。
天顺四年（1460年）二月，石亨死于狱中，石彪伏诛。
在处置石氏叔侄期间，朱祁镇下令禁用“夺门”字样，曹吉祥感到兔死狐悲，便与其养子曹钦密谋反叛，于天顺五年（1461年）七月初二日发难，被孙镗镇压，曹钦全族死于乱中，曹吉祥亦被凌迟处死。
经过曹石之变，朱祁镇才完全掌握大权。他不仅重用李贤，还起用彭时、吕原、陈文等贤臣辅政，朝政得以恢复到他即位之初的三杨内阁那种良性运转的轨道上。
天顺年间的朱祁镇每天早晨五鼓初就起床，斋洁具服拜天，然后批阅司礼监送来的奏章，再拜谒奉先殿，接着上早朝。
退朝后即至文华殿，与有关大臣访问商议早朝未能断决的政事，然后下裁决。
进膳后又开始批阅章奏易决的即批出，有须仔细考虑定议的就送到内阁，令阁臣参决。然后休息至申时，再次批阅奏章。
政事松闲时，午休后的那段时间则听内政。至晚上即休息。
至于母后处，则是每日一朝，有命则两日一朝，隆冬盛暑五日一朝。
闲暇的日子或是读书，或是观看射箭。
从天顺四年（1460年）七月开始，朱祁镇备受脚气病的折磨，到天顺八年（1464年）正月已病入膏肓。
正月初六日，他命皇太子朱见濡（即朱见深）在文华殿（东宫）处理政务。
正月十六日，朱祁镇召皇太子及司礼监太监牛玉等至病榻前，嘱咐身后事。
除了提及孝养钱皇后以及合葬外，还下令废除嫔妃殉葬的祖制。