湘潭之屠
顺治六年（1649年）正月二十一日清军攻入湖南湘潭和沅州（今芷江），南明督师何腾蛟被俘。清郑亲王济尔哈朗下令在湘潭屠城，湘潭城中百姓几乎全被杀光，城中不满百人。沅州也遭到纵兵杀掠。
同安之屠
顺治五年、南明永历二年（1648年）八月十六日，满清“靖南将军”陈泰、“浙闽总督”陈锦、“福建提督”赵国祚在福建同安县进行大屠杀，大约有五万人被屠杀。
南雄之屠
顺治六年（1649年）农历十二月二十九日，清军抵达南雄，年三十除夕晚上清军放火焚烧鼓楼，趁明军慌乱救火之际，攻入城内。对南雄县民大肆屠杀，“大清平、靖二藩克雄城，民尽屠戮，十存二三。”“家家燕子巢空林，伏尸如山莽充斥。....死者无头生被掳，有头还与无头伍。血泚焦土掩红颜，孤孩尚探娘怀乳。
信丰之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）三月初一日，满清“梅勒章京”胶商攻克广东信丰县，进行大规模屠城。
蒲城之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）四月初五日，满清“固山额真”李国翰攻克陕西蒲城县然后进行大规模屠城。大约有一万人被屠杀。
曹州之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）十月初四日，满清梅勒章京赖恼、沂州总兵佟养量、临清总兵宜永贵等攻克山东州曹州，进行屠城。被屠杀的无辜居民人数不详。
汾州之屠
顺治六年、南明永历三年（1649年）九月至十一月，满清“端重亲王”博洛、“和硕亲王”满达海等在山西汾州、太谷县、泌州、泽州等地进行规模屠城。大约有四十万人被屠杀。
大同之屠
顺治六年（1649年）清军在大同屠杀后，全城只剩下5个重案犯。满清派来的大同知府，上书顺治帝，称既然没有了苦主，就可以释放这5个人了。这份奏折，至今保存在第一历史档案馆。
广州大屠杀
顺治七年（1650年）清军攻广州，制造了庚寅之劫，”甲申更姓，七年讨殛。何辜生民，再遭六极。血溅天街，蝼蚁聚食。饥鸟啄肠，飞上城北。北风牛溲，堆积髑髅。或如宝塔，或如山邱。五行共尽，无智无愚，无贵无贱，同为一区。“尚可喜屠广州，孑遗无留；逸出城者，挤之海中。“死难十万至七十万人。
意大利籍耶酥会士卫匡国（Martin Martini，1614～1661）在《鞑靼战纪》中记述:“大屠杀从11月24日一直进行到12月5日。他们不论男女老幼一律残酷地杀死，他们不说别的，只说:‘杀!杀死这些反叛的蛮子!”
荷兰使臣约翰纽霍夫（John Nieuhoff）在其《在联合省的东印度公司出师中国鞑靼大汗皇帝朝廷》一书记述:“鞑靼全军入城之后，全城顿时是一片凄惨景象，每个士兵开始破坏，抢走一切可以到手的东西；妇女、儿童和老人哭声震天；从11月26日到12月15日，各处街道所听到的，全是拷打、杀戮反叛蛮子的声音；全城到处是哀号、屠杀、劫掠；凡有足够财力者，都不惜代价以赎命，然后逃脱这些惨无人道的屠夫之手。”
另有意见认为当时广州人口约四十万，而死难者约十万人或超过十万人。“清顺治六年十月，满清大军抵达广州，围困城池长达10个月，最终攻下城池，平南王尚可喜率清军攻陷广州之后，屠城十日，尸横遍地。广州城当时人口大约四十万，死难者约五分之一。”
潮州之屠
顺治十年（1653年）清军占领广东的潮州和南雄，清军之后进行下令屠杀，“纵兵屠掠，遗骸十余万”，“癸巳，郡城破，横尸遍野……收遗骸十余万，作普同塔于葫芦山”。揭阳县观音堂海德和尚等收尸聚焚于西湖山，将骨灰葬在西湖南岩。福建同安县屠城死难五万余人，梵天寺主持释无疑收尸合葬于寺东北一里之地，建亭“无祠亭“，墓碑上则刻“万善同归所”。南雄县民也遭到大肆屠杀，“大清平、靖二藩克雄城，民尽屠戮，十存二三。”“家家燕子巢空林，伏尸如山莽充斥……死者无头生被掳，有头还与无头伍。血泚焦土掩红颜，孤孩尚探娘怀乳。”
永昌之屠
顺治十六年、南明永历十三年（1659年）闰三月，满清“征南将军”赵布泰、“提督”线国安等在云南永昌府等地进行的一次大规模屠城。
另外由于清朝统治者的文字狱和历史篡改其中舟山、苏州、沅江、厦门、海宁等地大屠杀，史料记载很少。
满清控制全国后，为了封锁郑成功义军，下达禁海令，对沿海人民大肆屠杀，不愿意迁走的斩杀无赦，并乘机掠夺妇女财物。各地为剃发的分散屠杀：“去秋新令：不剃发者以违制论斩。令发后，吏诇不剃发者至军门，朝至朝斩，夕至夕斩。”
根据一些地方史志的记载，八旗军不仅对反抗者大肆杀戮，甚至连投靠满清的一些小官吏都不能幸免，妻子老母都被掠去充当**隶，然后拿到市场贩卖。明朝都督章钦臣的妻子金氏，不肯屈服于淫威，被用一千刀刮死。这件事被清代著名学者全祖望，冒着杀头危险记载下来。此外，满清军队还在这个各地进行了大规模屠杀。
明末时期中国人口在八千万到一亿五千万之间，而到了康熙五十年（1711年）中国人丁数仅两千四百六十四万余。也就是说这个时期中国的人口大量消失，多半是死于战乱、饥荒等原因。
清军惨无人道的大屠杀，从努尔哈赤屠杀辽东汉人到康熙平定三藩，历时将近一个世纪。英国使节马戛尔尼等人的记录：满清初期，他们表现得非常凶残。建国后的最初几年，整批整批的百姓遭到屠杀。强迫留辫子引起了骚乱，结果都被镇压在血泊之中。都是老爷的种族坐稳了江山，对奴隶的民族实行统治……。
屠杀明宗
明朝宗室在明末农民战争中，成为各地农民军屠戮的首要对象。从崇祯十四年至十七年，就有福王、唐王、崇王、岷王、代王、蜀王等十四个显贵王爷被农民军整家杀掉。至于郡王及将军之下，被杀的更是不计其数。
满清方面，出于政治需要，自入关到顺治二年夏王以前，对明朝宗室人员以诱降、“恩养“为主。清军攻克南京后至顺治八年这一段时间，满清开始对明宗室展开屠杀。自顺治八年至康熙早期，清廷又施以杀抚并用。早在皇太极入口侵掠时代，后金军抓住明宗室王爷一般都弄死，比如德王和鲁王。由山海关入京后，多尔衮开始以招抚为诱饵，在诛杀崇祯帝直系血脉的同时，满清逮到的明宗室假装养起来。清军攻陷南京后，由于明宗室在南中国纷纷被人拥立起兵相抗，满清顿露狰狞面目，接二连三地罗织罪名，很快就把本来“恩养“在北京的明朝十几个王爷均残酷加以处死（包括指认曾经指认崇祯太子为“假太子“的晋王）。直至顺治亲政后，满清对明宗室控制才稍稍放缓，但彼时朱家血脉至近的“皇族“也没剩下多少了。