四月二十五日（5月20日），清军攻占扬州后，当时大雨倾盆，多铎宣布在扬州城内进行了屠杀。清军攻破扬州城后进行了为期十天的大肆屠杀，史载：“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。”“初四日，天始霁。道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。”后来由城内僧人收殓的尸体就超过了八十万具。当时的幸存者王秀楚所著《扬州十日记》中记载屠杀共持续十日，故名“扬州十日”。

在屠城扬州的时候清军从一个富户进入另一个富户。清兵们先是抢银子，后来就无所不掠了。直到20日的白天，还没有人身伤害。但是夜幕降临之后，人们听到了砸门声、鞭子抽人声和受伤人发出的号叫声。

那个夜晚火势蔓延开来，但有些地方的火被雨浇灭了。到1645年5月21日，一份告示保证说，如果藏起来的人能够出来自首的话就会得到赦免，于是许多藏在自己家里的人走了出来。可他们走出来后却被分成50人或60人一堆，在三四个士兵的监督下，用绳子捆起来。然后就开始用长矛一阵猛刺，当场把他们杀死，即使扑倒在地者也不能幸免。

嘉定三屠

顺治二年、南明弘光元年（1645年）在清军攻破嘉定后，清军将领李成栋三次下令对城中平民进行大屠杀。在屠城过程中，城中百姓或者悬梁自杀或者投井和跳河，被砍断手和脚的百姓在地上挣扎着，清军将一大部分逃生的百姓赶到河边，然后将他们赶进河中纷纷淹死，河里的水都不能流动了。清军没遇到一个汉人就强迫他们献出自己家中的宝物，如果给清军很多的东西的话就可以活命，如果给的不多或者清军不满意，直接把人杀掉。

昆山之屠

顺治二年、南明弘光元年（1645年）昆山县人民杀该县清委知县阎茂才，起兵反清。七月初六，清军破城，随即屠城，士民死难者达数万人。清军屠昆山的时候，有妇女千人藏匿在昆山顶上。有个小孩忍不住哭出声来，被清军发现，于是大肆屠杀这些妇女。“总计城中人被屠戮者十之四，沉河堕井投缳者十之二，被俘者十之二，以逸者十之一，藏匿幸免者十之一。”“杀戮一空，其逃出城门践溺死者，妇女、婴孩无算。昆山顶上僧寮中，匿妇女千人，小儿一声，搜戮殆尽，血流奔泻，如涧水暴下”。

嘉兴之屠

顺治二年、南明弘光元年（1645年）闰六月二十六日，浙江布政使司隶嘉兴府为反抗清军暴行，嘉兴民众揭竿而起，乡的明翰林学士屠象美、明兵科给事中李毓新主其事，降清的明嘉兴总兵陈梧反正任大将军指挥义师，前吏部郎中钱棅助饷。二十六日城陷，逃不出的居民除大批年轻妇女被清军掳掠和一些僧人幸免外，几乎全遭屠杀。按当时人口来推，可能约五十万余人遇难。

江阴八十一日

顺治二年、南明弘光元年（1645年）清朝颁布剃发令后，江阴人民举行了反清起义，进行反清斗争。清廷先后调动24万军队攻城，江阴人民浴血奋战，守城八十一天，击毙清三王十八将，清军死伤过十万。但终因力量悬殊，粮食罄尽，守城者全部壮烈牺牲。城破后遭到清军血腥屠杀，繁华的街市尽为废墟。全城只有五十三人幸免。

常熟之屠

顺治二年、南明弘光元年（1645年）八月到九月，清军先后占领苏州和南直隶常熟之后的纵兵焚烧杀掠。在常熟大屠杀中被屠杀的百姓无法计算，沿河沿岸都是人头。

四川大屠杀

从顺治三年（1646年）至康熙初期，满清开始侵入四川，在四川各地进行大屠杀。顺治四年（1647年）多尔衮、孝庄采取了彻底屠杀的办法作为报复，公开发布告示，宣称：民贼相混，玉石难分，或屠全城，或屠男而留女。把四川人杀光了以后，就把这些行为全部推给了张献忠，还编造出张献忠杀人六亿的谎言。根据历史学者的研究，四川被害者不下五百万人，而被张献忠杀害的至多只有十四万人，连同张献忠统制地区其它非正常死亡，最多只有三十到四十万人。更重要的是，在清军开始长达十几年的四川大屠杀前，张献忠已经死了。“蜀人受祸惨甚，死伤殆尽，千百不存一二”。直到顺治十六年（1659年），清军攻陷渝城（重庆）后，才算平复四川。清初时以”湖广填四川“来解决四川人口的缺口。

此外，明末清初四川人口的锐减，是多股势力混战的最终恶果，并不能够将所有责任推给张献忠。至于张献忠屠杀六万万人有奇一说，有文献显示事实上是四川当地的地主以及南明将领污蔑和嫁祸张献忠。

金华之屠

顺治三年、南明隆武二年（1646年）七月十六日，满清“贝勒”博洛在浙江金华府进行的一次大规模屠城。大约有五万人被屠杀。

明朝末年，时任兵部尚书的金华长山人朱大典毅然带兵回金华据城抗清。公元1646年农历六月廿四，清贝勒博洛率军攻婺，久攻未下，后叛徒导攻西门城墙（现新华街），新筑城墙被大炮轰塌，清军潮水般涌入，金华守军奋力拼搏，浴血巷战。

朱大典妻妾儿媳为不受辱，纷纷手牵孙儿投井自尽，朱大典与部属点燃火药库壮烈殉国，大典家20余口共赴国难。明军指挥部炸毁后，剩余守军仍坚贞不屈，节节抵抗，退集到最后的阵地———东市街。清军破西门后一路往东杀，南北城楼先后沦陷。东市街之东是高山头悬崖和义乌江。365年前的东市街上刀光剑影，血肉横飞，金华先民在这里谱写了悲壮的史诗，守军拒不投降，全部英勇战死。城陷后清军屠城，南明演义说城中被杀者十之八九。李渔悲诗泣之：“婺城攻陷西南角，三日人头如雨落”；明史也记载了大典阖家殉难的壮烈。明军参将俞继音祖上为南宋监察御史、户部侍郎，继音战死后，其宗谱载：“继音，明末参将，同守婺城，见危致命，忠烈可表……顺治丙戌七月十六日卒”，这日正是金华城破明军全体阵亡之时，宗谱和金华县志记载完全相符。

泾县之屠

顺治三年、南明隆武二年（1646年）八月十七日，满清“提督”张天禄、“池州总兵”于永绶在南直隶泾县、徽州、绩溪县等地进行的一次大规模屠城。大约有五万人被屠杀。

赣州之屠

顺治三年、南明隆武二年（1646年）十月初四日，满清“江西提督”金声桓、“总兵”柯永盛在江西赣州府进行的一次大规模屠城。大约有二十万人被屠杀。

同安之屠

顺治四年（1647年）清军攻克福建厦门和同安县，然后屠城。福建同安县屠城死难5万余人，梵天寺住持无疑和尚收尸合葬于寺东北一里之地，建亭“无祠亭”，墓碑上则刻“万善同归所”。

平海之屠

顺治四年、南明永历元年（1647年）七月，清军在福建平海卫进行大规模屠城。被屠杀的无辜百姓具体人数不详。

南昌之屠

顺治五年（1648年）清军包围南昌。次年三月间，南昌城陷，清军屠城。八旗军把从南昌掠来的妇女分给各营，昼夜不停的轮奸。这些女性”除所杀及道死、水死、自经死，而在营者亦十余万。食牛豕皆沸汤微集而已。饱食湿卧，自愿在营而死者，亦十七八。而先至之兵已各私载卤获连轲而下，所掠男女一并斤卖。其初有不愿死者，望城破或胜，庶几生还；至是知见掠转卖，长与乡里辞也，莫不悲号动天，奋身决赴。浮尸蔽江，天为厉霾。“。这些事情记载在《江变纪略》里，此书是满清政府查禁的重点，在乾隆四十四年被明令销毁，靠着手抄本流传下来。而在清军陷城前，一些出来投降的汉人，也遭到了”男子分杀之，女子分留之“的命运。

顺治六年（1649年）清军再次占领江西南昌，下令进行屠杀。

邵武之屠

顺治五年、南明永历二年（1648年）五月，满清“福建左路总兵”王之纲在福建邵武县进行屠城，被屠杀的无辜百姓人数不详。