后金军从宁远撤退后增加锦州的攻势，但仍旧无法攻克，而且伤亡惨重，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。而后金军撤兵时顺道毁坏大凌河二城。

宁锦之战后，满桂、赵率教等人都得到了应有的赏赐，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的党羽弹劾袁崇焕不救援锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。尚书霍维华为此感到不平，上疏乞求辞去荫袭子孙的赏赐，但魏忠贤不许。七月，袁崇焕辞官回乡。明廷以王之臣接替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。

启七年，明熹宗驾崩，明思宗朱由检即位，设计将魏忠贤除去，并把之前冒领军功的人削职。在朝中大臣的建议下，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、津军务。

同年七月，袁崇焕返回京城，上疏陈述兵事，朱由检于平台召见袁崇焕，袁崇焕声称自己可以五年复辽，朱由检对此大加赞赏。给事中许誉卿问袁崇焕复辽的策略，袁崇焕却是用这种话安慰皇上。

许誉卿：“皇上英明，怎麽可以随便应对。他日按照期限追求成效，你该怎麽办？”袁崇焕也觉得自己失言了，于是上奏：“五年复辽的计划不容易完成，陛下既然委托给臣，臣怎麽敢推辞这艰难的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应器械，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷内外事事配合，才能有所成功。”朱由检于是让四部的臣按照袁崇焕的话办。

袁崇焕害怕自己去往边关以后，朝廷中难免有人会再次诽谤自己，于是将此事告诉朱由检，朱由检在大学士刘鸿训等饶建议下，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给袁崇焕。

鉴于此前熊廷弼、孙承宗都因为受到排挤陷害，使自己的意愿难以舒展，袁崇焕于是又上书：

“恢复辽地的计策，不外乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，防守是正规的策略，攻战是变通的策略，和议是辅助策略的法。执法在循序渐进而不在突变猛进，在追求实效而不在贪图虚名。这是臣与诸边防官员所能做到的。至於选择用饶入，与被人用的人，都是皇上掌握其中的关键。怎麽才能用人而不三心二意，相信而不怀疑？因为驾驭边防大臣与朝廷大臣不同，军中可惊可疑的事特别多，只应当谈论成败的大局，不必摘取一言一行的细过失。事情的责任既然重大，招致怨恨实在多。各种有利於边疆的事情，都是不利於自身的。况且谋取敌人急，敌人亦从而离间，因此作边疆的大臣很难。陛下爱护臣了解臣，臣何必过於疑虑惧怕，但心中有所危惧，不敢不告诉。”

朱由检发优诏答覆袁崇焕，并赏赐蟒袍玉带、银币，但袁崇焕上疏推辞不接受蟒袍玉带。

崇祯二年，驻守宁远的来自于川、湖等地的士兵因为军饷的事而哗变，袁崇焕用计将其平定。而后袁崇焕请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿等三饶才能，并自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。