接着宋师道传令给金陵的李靖，让他拿着自己的将令收编江南所有的明军，命令秦琼收编江北的明军，李靖经过近半年的努力，江南的大部分明军归附，只有左良玉拥兵八十万在九江与李靖的三十万大军对峙，不肯归附。

而另一个人，郑芝龙仗着船坚炮利在福建沿海也不肯归附。宋师道得知消息后冷笑不止，这两个芥跻之癣简直是不知死活。不过宋师道也暂时不打算打理他们，只是命令李靖监视他们的一举一动，同时命令李靖依照图纸督造三桅战船，五桅战船和七桅战船，并在这些战船上加装改进型九寸火炮。

这些九寸火炮由于采用了新的炼铁法，炼制出来了韧性和塑性比熟铁更好的铁水，铸造而成，使火炮的重量大幅度减轻，比以往的红夷大炮重量减轻了三分之一。而且射程更远，并且可以发射布壳开花弹，威力大增。

暂且不提李靖在江南的一连串的动作，宋师道在李自成的葬礼以及裴行俨、赵云收服关宁锦防线后，宋师道让赵云镇守关宁锦防线，调回裴行俨，令李岩、裴行俨二人领兵五万，收服江北各地的大顺军以及明军。

宋师道在燕京令秦琼统领军队，建立军机阁，开始军政分离，军机大臣职务等级与丞相同级，同为正一品大员。

傅仇为丞相，组建内阁，同时在原有的六部：吏部、礼部、刑部、户部、工部、兵部的基础上，新成立了医部、农部、商部三个部门。

兵部划归军机阁，内阁管辖吏部、礼部、刑部、户部、工部、医部、农部、商部等八部。各部设尚书一人正二品，左侍郎、右侍郎各一人正三品，郎中四人正五品，主事按需要设四至八人正六品。

裁撤五寺，即大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。把这五寺根据职能并到刑部、礼部之中，减少机构。

宋师道被傅仇组建的内阁推举为赵王，暂时负责全国的军政事务。经过一个月的梳理，燕京城内各个机构的完全恢复正常运转，大半年后，除了少数地方外，全国各级机构也逐步恢复。

乙酉年三月，宋师道派秦琼、李岩统兵二十万进军九江，与李靖南北夹击一直盘踞在九江，武昌、荆州、德安、承拥兵八十万不肯听从命令的左良玉。

在宋师道派出秦琼、李岩统兵二十万杀奔而来的时候，左良玉召集手下的众将在武昌的各座山头上开始操练兵马，整训军队，准备与燕京朝廷对抗。

乙酉年三月二十六，武昌城外的各个山头上旌旗招展，人头攒动，几十万人马列阵在各个山头上，气势惊人。左良玉意气风发地坐在山顶上观看各个部队的操演。

演习的办法其实很简单，就是骑兵队并排骑马飞驰，被左良玉称作“过对”。马蹄声震动地如打响雷，几里外都清晰可闻。看着颇为壮观。

不过在崇祯十五年，侯恂为督师的时候，发帑五十万犒赏左良玉所属部下，令左良玉剿灭李自成。左良玉与李自成会战于朱仙镇，左良玉大败，退至襄阳。开封再战，左良玉不敢迎战。李自成遂攻打襄阳，左良玉撤兵至武昌，左良玉向楚王要兵员、要粮饷，均没得到补给，遂掠夺武昌包括漕粮盐舶。到九江后拥兵二十万开始观望自保。

其实左良玉的精锐人马在朱仙镇与李自成会战失败后，基本上损失了大半，后来归附他的大都是一些乌合之众，军容看起来很壮观，可是此时的左良玉已不能很好地驾驭这些部下了。左良玉时候是个孤儿，被他的叔父养大，连母亲的姓氏他都不知道。许州兵变的时候，左良玉的叔父一家又全部被杀，现在只有他的儿子左梦庚跟在他的身边，再也没有一个亲人。

左良玉观看完军队操练后，率领众将返回武昌，夜间他设宴招待部下，并召来了十余名军妓上酒助兴，突然左良玉手捂胸口“咳咳咳”剧烈地咳嗽起来，众将皆惊，左良玉稍后平息下来，摆摆手示意自己无事。

随后众人散去，第二，左良玉率领大军从武昌出发前往九江，准备在秦琼、李岩的大军还未来时，先与李靖决战，击败李靖，再回头对阵秦琼。大军出发，战舰从汉口到蕲州，排列了二百余里，浩浩荡荡地顺江东下驶往九江。