受各国邀请，原晓组织在火之国与田之国的边界处，创办了忍界联合学院。

校长由长门担任。

各国定期给与学院物资支持。

联合学院的目的是为了培育下副本的忍者，各大国需负责定期派遣忍校毕业的学生，前往当地学习并任职。

他们代表着各自的国家，定期前往副本。获得功勋的人，联合学院会奖励赋予其代表国荣誉称号。

木叶63年。

忍界联合学院建设完成，与忍界各国一同对外。

从此，进入规模化战争时代。

故事由此展开……