随后，吴三桂大封文武，建设百憭：立吴世潘为王太孙，号端王；封张氏为王后，莲儿为王妃，方献廷为太师，刘玄初为首辅，胡守亮为上卿。

改“六曹”为“六部”，以方献廷为吏部尚书，增设掌印郎中车文龙、葛震，员外王梦松、王攀麟，司务勒日本。以来度为户部尚书，增设掌印郎中詹圣化、刘作长、李世培，员外王屏翰、宁君智、张羽皇，主事祖继善、黎子来，刘昭、范允文、李履祥。以钱点为礼部尚书，增设掌印郎中王天钟、孙马誓，员外郑鸣凤、因永靖，主事方正阳，司务刘泽深、李廷英、李惠、高士忠。以韩大任为兵部尚书，增设掌印郎中杨颜容、李希譍，员外王汝伦、俞大章，主事王元昌、门文魁，司务高魁元、刘善政、杜如荀。以冯苏为刑部尚书，增设掌印度郎中葛朝瑞，员外金映麟，主事彭恒，司务尚登谐。以吕黍子为工部尚书，增设掌印郎中刘应弟，员外葛朝盛、李一心，主事刘元，司务许洪智、晋起龙。由文春兰、张应泰担任班序。由李作舟、高羽皇担任鸣赞。

增设中书省，以胡国柱为参智政事。下设承旨，由丘可孙、姚文燮、杨山樟、王俊担任。命方孝标为大学士，米琦、金徵麟、胡钦华、吕师廉、陶成瑜、程封、钱点担任中书给事。刘士元、郑应侯、张紫文担任检讨。王式、金晋侯、阚鸿滩、范师年、王仙犀担任中书舍人。