当大蛇丸找到兜的时候，他正处在崩溃中，大蛇丸与团藏关系密切，自然知道内情，于是把团藏对兜的欺骗全部告诉了他，兜顿时觉得这个世界上已无自己的立足之地。这时大蛇丸对他说：“我比任何人都重视你的才能，“我们一起创造一个与根截然不同，能够找到自我的组织，一个不属于任何国家的音忍村。从现在起，你我二人脱离了木叶，我就是你的上司、兄弟和父亲。”这一番话让兜死心塌地，而大蛇丸也确实没有辜负他，对他视如己出，给予了最大的信任。
这时大蛇丸注意到了一个正在崛起的神秘组织“晓”，于是派兜去调查底细。兜用双面间谍的身份打入晓，成为了蝎的部下，并故意透露了大蛇丸的情报，吸引蝎和佩恩上钩，其实大蛇丸打的是佩恩轮回眼的主意。但佩恩的实力超乎想象，大蛇丸眼看玩砸，于是顺势请求加入晓，为组织效力，恰逢晓组织缺人，就收了这个危险人物，于是大蛇丸又多了个身份晓组织的“空”。
或许是因兜的助力，或许是因晓组织的资源，这段时间，大蛇丸的科研取得了重大成果，不但秽土转生之术接近完成，而且还开发了一种能够夺取他人身体的禁术“不尸转生”，虽然这个术的d长达数年之久，但凭借这个术，大蛇丸已然实现了永生，可以说往后只要他自己不作死，就能够用永恒的生命探寻他想知道的真理。
可惜理性与求知欲并存，当看到鼬的写轮眼，他又按奈不住自己的yuang，正好拥有夺取他人身体的禁术，正好鼬又来到自己的面前，他想要立刻领略写轮眼的风景。结果大蛇丸低估了鼬的实力，冒然发动的攻击被鼬轻易反制，如果不是兜赶来救援，大蛇丸的永生之路恐怕刚开始就要夭折了。
擅自对同伴出手，这晓组织显然是待不下去了，于是大蛇丸又叛离了晓，但很快就遭到了蝎和迪达拉的追杀。这一战可以看作大蛇丸的一次实战演练，这是他初次尝试秽土转生，复活了三代风影作战，虽然效果十分完美，被复活者不但拥有灵魂和生前的力量，而且还有不灭之躯，但控制力却不够，会被轻易挣脱，于是大蛇丸在蝎和迪达拉面前遁走，进行秽土转生之术的改良。
之后又过了数年的积累，大蛇丸实现了当年对兜说的话，他们建立了音忍村，培养了一批忍者，大多是各国流离失所的孤儿，因大蛇丸的意志聚集在了一起。大蛇丸给其中的精锐移植了地之咒印，也就是以君麻吕为首的“音忍五人众”，再加上北方据点的重吾，南方据点的香磷，音忍村的实力迅速壮大，甚至成为了被各国承认的村子，出现在了版图上，当然了，人们并不知道音忍村的首领大蛇丸。
此时大蛇丸的秽土转生之术也已改良完成，同时找了一个年轻貌美的女性进行了不尸转生，大蛇丸的势力达到了巅峰期，这时，他开始打木叶村的主意了。也许是为了报父母之仇，也许是与团藏有暗中交易，也许是想引发战争，让自己的势力崛起，也许只是想向世人展示自己的研究成果，出于种种目的，大蛇丸动用了全部力量针对木叶。他和君麻吕一起干掉了四代风影，并用易容术伪装，以风影的身份控制了砂忍的力量，趁着木叶中忍考试的契机，以参赛的名义，让音忍和砂忍开进木叶村，而大蛇丸本人，乔装打扮后，也终于出现在了鸣人、佐助的面前。
大蛇丸此去木叶，除了守家的重吾和香磷，可以说是倾巢而出了，光是参加考试的就安插了三队人马，一队音忍的炮灰，一队伪装成木叶的兜小队，同时自己也易容后亲自参加考试。
这就是他在剧中第一次登场的形象，多年之后重返木叶，他果然还是惦记着自己的学生红豆啊。至于他亲自参加考试、并遇到佐助显然不是偶然，大蛇丸的转生术使用间隔长达三年，此时已经到期，需要寻找下一个容器。大蛇丸对写轮眼垂涎已久，在晓时就曾对鼬出手，奈何打不过，于是目光自然锁定到了鼬的弟弟，年幼的宇智波家幸存者佐助的身上。大蛇丸此次木叶之行，很重要的一个原因就是为了得到佐助。
中忍考试第二场，大蛇丸很快就找到了佐助一行人，仅凭眼神迸发的杀气就让他们无法动弹。以他的实力，要杀此时的三位主角易如反掌，但他并没有这么做，甚至在发现鸣人是人柱力后，看到九尾的查克拉泄露，他还在上面加了道五行封印。虽然对鸣人来说扰乱了他的查克拉，但对木叶村来说，加固封印显然是一个有利的做法，如果大蛇丸真心想毁灭木叶，应该解放九尾，或是带走鸣人才对呀。
中了封印术的鸣人失去了意识，小樱也不是战斗型忍者，场上只剩下了佐助。佐助还有家族大仇未报，不甘心束手待毙，危机之下写轮眼进化出了双勾玉。大蛇丸饶有兴致的测试了一番佐助的实力，这一段体术较量非常精彩，2003年的作画竟有如此水准，这种人物略微变形，动作粗放得有些抽象，同时注重技巧与忍术、忍具配合的火影式打斗风格，在这里第一次呈现。但佐助的体术还是太稚嫩，很快被大蛇丸打趴，最后佐助利用起爆符制造机会，拉出钢丝，用操手里剑之术加火遁龙火之术将大蛇丸钉在树上，做了一道木炭烤蛇。
但这套华丽的操作并没有实质作用，大蛇丸面不改色的挣脱了钢丝，用束缚术轻易定住佐助，并在他后颈咬了一口，种下了咒印。这是理论生还率只有十分之一，实际生还率二分之二的天之咒印，寄宿了大蛇丸的灵魂力量，甚至可以从这个咒印中复活。面对全部倒地的三位主角，大蛇丸没有再出手，而是离开了。
在大蛇丸休息时，另一位天之咒印拥有者，他在木叶时的徒弟红豆找上门来。大蛇丸跟她打了个招呼：“好久不见啊，红豆。”但红豆却说：“你已经是被通缉的s级叛忍，哪怕赌上性命，我也要在这里打败你。”大蛇丸淡淡的说：“你办不到。”
红豆用潜影蛇手抓住大蛇丸，并结了双蛇相杀之印欲与他同归于尽，这时大蛇丸的声音从背后响起：“红豆，你想sha吗？那是替身。”红豆这才发现自己差点与一滩烂泥同归于尽。在咒印的压制下，红豆只能跪地，大蛇丸走到她身前，亲切的抚摸着她的脸颊，看来师徒久别，热情如斯。
一番交流后，大蛇丸离开了，红豆立刻会见三代火影商议对策，此时他们还不清楚大蛇丸筹划了战争，因此只是加强了戒备，并没有中断这场各国大名都来观看的盛会。宇智波佐助，火影木叶忍村宇智波一族的后代，年幼时候亲眼见证宇智波鼬tusha族人的惨案，后来为了杀死鼬而努力xiulian。但是由于宇智波鼬的错误诱导，佐助走上了与鼬期望相反的道路。最终在鸣人的帮助下，宇智波佐助重新回到他原来走精神道路上，成为木叶忍者村火影鸣人身后默默的支撑者。
在宇智波佐助的一生中，前半生是为了复仇而xiulian，而后半生是为木叶忍者村而xiulian。佐助的前半生生活通过动漫我们已经观看到，那么当动漫中没有描写到的时候，动漫暗线中佐助都在干些什么呢？其实虽然动漫没有直接描写，也给了很多隐含的线索。佐助出门在外，第一件事就是继续与木叶保持联系，经常将他所流浪的地方情报教给木叶。
因为忍界大战刚刚结束的时候佐助就已经出门在外调查各种事件，所以卡卡西当六代火影的时候才能不出门而知天下事，木叶的在忍界的权威才能有效维持下来。然后佐助出门在外，还解决了不少木叶前几代火影时期曾经留下的战争隐患。必须血龙眼事件，木叶派遣宇智波一族将血龙族的族人全部封印，导致卡卡西时代血龙族族人起爆人间，所以佐助出动之后，这件事情也就被解决了。
然后在博人传之前的剧场版中，佐助还在暗中保护着木叶，用自己的战力将威胁木叶的任何事情解决掉。剧情中，当月球陨石落向地球的时候，佐助出现并用身后的长剑将陨石斩碎，这个镜头其实表明了佐助并未离开木叶多远，通过轮回眼定位，佐助可以随时从很远的地方来到木叶附近。
然后就是调查大筒木事件了。火影中，大筒木辉夜姬身为外星人，而且是宇智波一族和木叶的旋涡、千手一族等多个种族的祖先。但是大筒木一族对地球忍者心怀恶意，所以宇智波佐助调查在外调查大筒木一族，帮卡卡西和鸣人做了不少无法解决的问题。虽然佐助看上去并没有起到多大作用，不过我们看完之后，还是觉得在博人时代中，他发挥的作用还是挺大的。
后在卡卡西封印佐助的咒印时，大蛇丸再次出现，可能是担心自己未来的身体有什么闪失。看到咒印只是被封邪法印抑制，大蛇丸放下心来，面对卡卡西“同归于尽”的威胁，大蛇丸只是说：“如果你能做到，那就试试。”便头也不回的离开了。其实早在大蛇丸叛逃木叶的时候，还在暗部的卡卡西就曾奉命拦截他，他们之间有过一战，那时大蛇丸无论实力还是气势，都彻底碾压了卡卡西。这么多年过去了，面对大蛇丸，卡卡西还是颇为忌惮。
之后，中忍考试第三场终于开始了，这也是大蛇丸计划中发动进攻的时机。在这场考试中，大蛇丸伪装成风影，堂而皇之的坐在三代火影身边。大蛇丸对三代说：“您的年纪也不小了。该早点决定下一任火影的人选了。”三代大笑着说到：“我觉得自己还能再干五年呢！”他没有发现此时“风影”的眼神杀意已决。