除了轻骑和骑马步兵外，大军中还将弩手集中编组，出现了纯由弩手组成的部队。

弩手部队在马军、车营、辎重营中皆有，一般以局的编制存在，也有人称之为“射声局”。这些弩手皆是弓箭考核成绩不合格，这才转入弩手部队，毕竟有上弦器辅助，使用强弩更容易一些，而且强弩的弓力和准确性比弓箭更强，就是射速太慢了。

那些力量较大，可以在紧急时刻不用工具辅助就可以开强弩，且骑术有一定水平的弩手被调入了各部马军。马军中的弩手以强弩为长兵进行远程攻击，以夹刀棍为短兵进行近战搏杀，同样配有腰刀。

那些力量不够，只能依靠上弦器给强弩上弦的弩手，则被调入各部车营和辎重营。这些弩手作战时借助偏厢车和辎重车掩护，可以较为安全的使用上弦器开强弩。车营和辎重营总的弩手，以强弩为长兵进行远程攻击，以长刀为短兵进行近战搏杀。

所谓长刀，也称双手刀，乃是戚帅根据缴获长倭刀打造的兵器。“刃长五尺，后用铜护刃一尺，柄长一尺五寸，共六尺五寸，重二斤八两。”将上面的明代度量衡换算成后世的度量衡，则是刀身长156米，在接近刀柄的部位用铜护住32厘米长的刀身，刀柄长48厘米，总长204米，重149千克。

长刀本是给军中的鸟铳手使用的，“鸟铳手贼远发铳，贼至近身再无他器可以攻刺，如兼杀器则铳重药子又多，势所不能，惟此刀轻而且长，可以兼用，以备临身弃铳用此。况有杀手当锋，故用长刀备之尔。”总的来说，就是鸟铳手身上的装备重、多、杂，带其他长柄兵器不合适，所以就装备了长刀。长刀对付轻甲、无甲目标非常有效，对付重甲目标时效果就不太好了。

除了这些武器和编制上的变动，因为全军分为五军，所以在旗帜和盔甲上也做了改动。

除了中军拥有四五个营的巨大编制，其他四军都是一个营的编制。四军主将各有认旗一面、坐纛一面、清道旗两面、金鼓旗两面、门旗两面、五方旗五面、五方高招五面、巡视旗十面和豹尾旗一面，此外还有五方神旗、二十八星宿号带、角旗等旗帜。

五方旗和五方高招各有五面分别指代五个方位，五方旗分别为红、黑、蓝、白、黄五色，但中军的五方旗旗边为旗心颜色的相生之色，四军的五方旗旗边为本军的方色，比如前军的五方旗都是红边，后军的五方旗都是黑边五方高招的灯笼也为五色，只不过将黑色改为绿色，前后左右中即为红、绿、蓝、白、黄五色。五方旗用于白天指挥，五方高招用于夜晚指挥。

大帅的认旗有五色号带，大帅之下的五军主将认旗旗心分为五色，前后左右中即为红、黑、蓝、白、黄五色，旗边为旗心颜色的相生之色，号带皆应中央黄色。

五军主将麾下的千总认旗的旗心以本方的颜色，一般是左、中、右三部，所以旗心颜色分为蓝色、黄色、白色三种旗边应所属各军主将的方色，即红、黑、蓝、白、黄五色号带皆应中央黄色。

每部千总麾下的把总认旗的旗心为本方的颜色，一般是左、右二司，所以旗心颜色分为蓝色、白色两种旗边应所属千总的方色，即蓝、黄、白三色号带应所属各军主将的方色。

每司麾下的百总认旗的旗心为本方的颜色，一般是前后左右四局，所以旗心颜色分为红色、黑色、蓝色、白色四种旗边应所属把总的方色，即蓝、白二色号带应所属千总的方色，即蓝、黄、白三色。

每局麾下的旗总认旗为所属各军主将的方色，所以旗心、旗边皆为红、黑、蓝、白、黄五色，旗总认旗没有号带。

每旗麾下的队总认旗同旗总认旗，各军主将的方色，所以旗帜为红、黑、蓝、白、黄五色，队总认旗没有旗边，也没有号带。

队总的兜鍪上有盔旗，盔旗的颜色和认旗同一颜色，盔旗上还写着部队的番号。军士的兜鍪上有盔缨，而没有盔甲，盔缨颜色皆为红色。

以前军为例：

前军的将官认旗，是红心、蓝边、黄带、珠缨、雉尾，上书“前军司命”。五方旗五面各为红、黑、蓝、白、黄五色，有朱雀、玄武、青龙、白虎、螣蛇五种图案，前军五方旗的旗边皆为红色。

前军麾下有三部。中部千总认旗，黄心、红边、黄带左部千总旗，蓝心、红边、黄带右部千总旗，白心、红边、黄带。

前军每部麾下有左右二司。中部左司把总认旗，蓝心、黄边、红带中部右司把总认旗，白心、黄边、红带。

前军每司麾下有五局。中部左司前百总认旗，红心、蓝边、黄带中部左司后百总认旗，黑心、蓝边、黄带中部左司左百总认旗，蓝心、蓝边、黄带中部左司右百总认旗，白心、蓝边、黄带。中部左司中百总认旗，黄心、蓝边、黄带。

前军每局麾下有三旗。各旗旗总认旗，皆为红心、红边。