1774年，一位大学的访间者将韦斯豪普特介绍到石匠兄弟会，与此同时，一个因格尔斯塔德的军官也建立了自己控制的秘密协会，以研究江湖术士的神秘活动。韦斯豪普特再次加入这样的组织。出于对保守的天、主教会和巴伐利亚君主制专权的愤怒，维斯豪普特决定摒弃有组织的宗教，转而支持新的“启蒙”形式。他借鉴耶、稣会、孟菲斯七圣之谜等组织的经验和想法，他成立自己的组织，刚开始叫“完美者秩序”，后来改称为“巴伐利亚秘密社团”。1784年的6月，巴代利亚政府发布了三条法令，第一条就是取缔巴伐利亚秘密社团，称它是“叛国且反宗教”的组织。1787年，巴伐利亚皇室颁布法令，将巴伐利亚秘密社团的成员判处死刑；同年，剧作家弗里德里希·席勒，在《唐·卡洛斯》中塑造了以巴伐利亚秘密社团人士为原型的角色共和党革命者波沙。成立之初，韦斯豪普特就将其秘密组织设计为一个包括不同研究层面、每个层次都被其上级所监督的复杂组织结构。在这个组织的高峰时期，据说在其建立的头两年有2，500个成员。

在历史上，卷入巴伐利亚秘密社团的名人有华盛顿、基辛格、肯尼迪、乔治·布什、洛克菲勒、老福特，涉及的事件有法国大革命、种族灭绝、金融风暴、世界末日、UFO、外星人，以及一些大众熟悉的文学和影视作品，如《天使与恶魔》《古墓丽影》《国家宝藏》《X战警》等。

3.神鹰教廷（Holy Eagle Holy See）

神鹰教廷，又称神之手，神使审判所，永生教，天之声（The Hand of God，或the Judgment Chamber of God，或the Church of Eternal Life，或the Voice of Heaven），意为“神的飞鹰”“神的人间使者”，于1801年3月1日由赫朗格尼尔?戈多伊（教皇）在美国创立，是在巴戈利亚秘密社团在公众视野消失近小半个世纪后，由“教皇”在东躲西藏的巴戈利亚秘密社团内部成立的一个秘密社团。

1800年，最后的印第安人神秘神山被发现，巴戈利亚秘密社团的成员遍布世界，连当时去神山探秘的队伍里都有巴戈利亚秘密社团的人。

神山深处祭坛上放着一块血肉，周围都是祭品，血肉的事被上报巴戈利亚秘密社团，用马匹当血肉宿主送去巴戈利亚秘密社团研究。

为研究血肉有什么用，巴戈利亚秘密社团用活体植入血肉进行研究，最后发现血肉只能在白痴宿主体内生存。血肉在宿主体内沉寂，因为智慧生物触之即死被认为神之领域不可触碰，又因为“喂饱”血肉后触碰可以更换体内细胞达到寿命延长被崇拜。

因为延长寿命的能力，神鹰教廷在巴戈利亚秘密社团内部话语权越来越大，到了1850年时候，“教皇”已经完全掌控巴戈利亚秘密社团，“教皇”让巴戈利亚秘密社团按照“神的意志”改变为他自己的“帝国”。

直到1916年开始活跃，经过位置转换发现血肉对东方很渴望，于是巴戈利亚秘密社团听到东方任何神秘事件不同寻常的事情都会引起关注，并不断派人前往东方打探神秘事件和探险，还派了使者通过石匠兄弟会活动在东方发展下线，给将来去往东方做好准备。