第一种是在一年内集齐帕底亚地区七枚道馆徽章便可以毕业，一年内集齐八枚还可以挑战帕底亚联盟，在打败四天王后即可成为冠军级训练家。当然，如果一年内没有集齐六枚徽章则需要从头再来。

第二种便是提交论文，由学院老师组成的审核团审核通过后即可毕业。

第三种要求拥有一本高级证书，比如高级饲育家证书，高级宝可梦医疗证书，拥有一本即可毕业。

学生在提前毕业后也可在学院中继续学习，直到第五年学业结束。

2.两位博士都在，奥琳博士和弗图博士各自研究古代种悖谬宝可梦和未来种悖谬宝可梦，在深入到第零区最深处时发现了太晶现象，经过二人的合理研究后在十年前完善了太晶化并研究出太晶珠，使得太晶化可以应用于宝可梦对战，之后将其技术交给了联盟，使得太晶化可以广泛应用。

同时在第零区最深处巨大水晶柱中二人发现被封其中的故勒顿和密勒顿，还有少量的悖谬宝可梦并将其解救出来，二人通过对巨大水晶柱的研究后在水晶柱内部深处研究出时光机，之后发现大量的悖谬宝可梦，两位博士通过研究各自写下带有自己ID的朱之书和紫之书，

但没多久时光机失控，第零区的悖谬宝可梦泛滥。二位博士为了稳定时光机和清理泛滥的悖谬宝可梦带着故勒顿和密勒顿进入了第零区最深处，之后悖论宝可梦的泛滥得到控制但两位博士却没有回来，只留下二人的孩子派帕。

3.故勒顿和密勒顿会同时出现，一只与原作主角相遇，一只和本作主角相遇。

4.200年前，探险家海哲率领“第零区观测队”第一次成功到达巨坑底部，至此巨坑的底部开始被称为第零区，但在探险过程中遇到了很多怪异的事情，海哲将所见所闻写在同一本书上，暂时命名零之书，在离开第零区后重新分类编写了零之书。

初始的朱之书和紫之书是二百年前探险家海哲所写，原名零之书，后来海哲从帕底亚巨坑出来后将零之书重新分类编写，成为了初始的朱之书和紫之书。

5.悖谬宝可梦暂时设定为由时光机从不同时空带来的宝可梦，类似究极异兽。（不然你告诉我古代三神兽和现代三神兽是什么关系？）