其时，江西中南部盗贼四起。王阳明策反盗贼的耳目为他刺探叛军情报，随后传檄福建、广东一带会兵讨伐贼寇。王守仁用兵诡异，“利御寇”，他亲率精锐发动突袭，一战俘获七千多人，二战俘获六千多人，三战斩杀两千多人，迅速荡平赣南地区为患数十年的匪情。

王阳明剿匪凯旋后，兴办学校，整修濂溪书院，这就是后来的阳明书院。南赣民风为之一新。在王阳明的教化下，长期与官府对抗的畲民迅速汉化，融合转化为客家人。部分不愿汉化的畲民，则退入深险山区，成为当地的少数族群。“鸿渐于木，或得其桷，无咎。”王阳明在闽西、赣南、粤东一带平乱之后，先后设置平和、崇义、和平三县以安置百姓，帮助他们安居乐业。

公元1519年6月，宁王朱宸濠声称奉太后密旨，在南昌发动叛乱，自称皇帝，并设左右丞相和兵部尚书，集结兵力号称十万， 出动战船千艘出鄱阳湖攻打安庆，意图攻取留都南京。

王阳明得到朱宸濠叛乱的消息后，深知他如果顺江而下，南京定然失守，于是使了个疑兵之计。他派人在朱宸濠的老巢南昌城内四处张贴讨伐檄文，称朝廷已派边兵和京兵八万，会同南赣及湖广地区部队共计十六万，准备进攻南昌。朱宸濠惊疑交加，于是按兵不动。连续派出探子探知消息。他足足耽误了十几天时间，终于确信朝廷压根没有派大兵讨伐，这才率军沿江东下，接连攻下九江、南康，进逼安庆。

此时，王阳明已经仓促召集八万平叛军。他果断舍弃救援安庆，领军直捣守备空虚的南昌。他这一招围魏救赵，就是在赌朱宸濠不敢放弃南昌。

朱宸濠久攻安庆不下后，得知南昌已被攻破，果然仓促回师夺城。王阳明率军在鄱阳湖上以逸待劳，与朱宸濠展开激战。在战况胶着的时候，他命人用小船装满柴草，顺风纵火烧毁了朱宸濠的副舰。朱宸濠战败被俘，叛军焚溺而死者达三万余人。

平叛成功后，王守仁急流勇退，称病不出。“鸿渐于陵。妇三岁不孕。终莫之胜，吉。”他大隐于朝，韬光养晦，避免卷入朝廷纷争之中，也没有因平叛之功得到朝廷任何封赏。直到明世宗即位以后论功行赏，擢升他为南京兵部尚书，不久加封为新建伯，世袭。

明世宗嘉靖年间，王阳明在绍兴创建阳明书院，开始讲授传播心学。公元1527年，王阳明奉命赴广西平叛，他在天泉桥留下心学四句：

无善无恶心之体，有善有恶意之动。

知善知恶是良知，为善去恶是格物。

翌年平乱之后，王守仁肺病加重，上疏乞请告老还乡，不久病逝。临终之际，弟子问他有何遗言，王阳明回答说：此心光明，亦复何言！

王守仁的心学思想，是在朱熹的理学基础上创立而成。他认为道乃人人自足之物，故格物即是“格心之物”。

意之所在便是物。所谓物，是人对待自我、他人与天地万物的种种行为，由心所发而成意，由意所在而造物。所以，王阳明心学的要义是诚意，此乃圣门教人用功第一义。

当他提出心即理、心外无物、心外无理、心外无善等一系列命题时，自然而然推论出“知行本体”原为一体，即为知行合一。

后来，他在诚意、格心之物的基础上，提出“致良知”。所谓良知，是心之本体，既是知仁、爱、孝、悌的道德禀赋，也是知是、非、曲、直的道德评判准则。“鸿渐于陆，其羽可用为仪，”王阳明提出“致良知”的哲学命题和“知行合一”的方法论，具有冲破封建思想禁锢、呼吁思想解放的现实意义，被誉为“中国封建社会后期出现的、最早的启蒙哲学”。王阳明心学不仅是中国思想文化史上的重要学说，对日本和东亚地区也产生了巨大影响。