武德九年六月初三己未日（626年7月1日），太白金星再次在白天出现在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”高祖李渊将傅奕的密奏给秦王李世民看。于是李世民乘机秘密上奏父皇，告发李建成和李元吉与后宫的嫔妃淫乱，而且说：“儿臣丝毫没有对不起皇兄和皇弟，现在他们却打算杀死儿臣，这简直就像要替王世充和窦建德报仇。如今我快要含冤而死，永远地离开父皇，魂魄归于黄泉，如果见到王世充诸贼，实在感到羞耻！”李渊望着李世民，惊讶不已，回答道：“明天朕就审问此事，你应该及早前来参见朕。”注:参考《资治通鉴唐纪七》

武德九年六月初四（626年7月2日），秦王李世民率领长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。张婕妤探知了李世民的谋划，暗中告知李建成。李建成于是与李元吉私下谋划策略，李元吉建议李建成称病不朝，李建成则认为京城防备严密，没有在乎。此时，李渊已经将裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴矩等人召集前来，准备查验李建成、李元吉淫乱后宫这件事情。注:参考《旧唐书太宗本纪上》、《资治通鉴唐纪七》

李建成、李元吉来到临湖殿，察觉到了变化，立即掉转马头，准备向东返回东宫和齐王府。李世民跟在后面呼唤他们，李元吉心虚，先张弓搭箭射向李世民，但由于心急，一连两三次都没有将弓拉满，箭没有射中。李世民搭弓射箭，射杀了李建成。而尉迟恭带领着七十余名骑兵相继赶到，他身边的将士用箭射中了李元吉，李元吉跌下马来。可就在此时，李世民的坐骑受到了惊吓，带着李世民奔入玄武门旁边的树林，李世民又被林中的树枝挂住，从马上摔下，倒在地上，一时爬不起来。李元吉迅速赶到，夺过弓来，准备勒死李世民，就在这时尉迟恭跃马奔来大声喝住了他。李元吉赶紧放开李世民，想快步跑入武德殿寻求李渊庇护，但尉迟恭迅速追上，射杀了李元吉。注:参考《资治通鉴唐纪七》

在太子李建成与齐王李元吉被杀后，他的部下又有何作为呢？我们看《资治通鉴唐纪七》中是这样记载：翊卫车骑将军冯翊冯立闻建成死，叹曰：“岂有生受其恩，而死逃其难乎！”乃与副护军薛万彻、屈咥直府左车骑万年谢叔方帅东宫、齐府精兵二千驰去玄武门。张公谨多力，独闭关以拒之，不得入。云麾将军敬君弘掌宿卫后，屯玄武门，挺身出战，所亲止之曰：“事未可知，且徐观变，俟兵集，成列而战，未晚也。”君弘不从，与中郎将吕世衡大呼而进，皆死之。君弘，显俊之曾孙也。守门兵与万彻等力战良久，万彻鼓噪欲攻秦府，将士大惧；尉迟敬德持建成、元吉首示之，宫府兵遂溃，万彻与数十骑亡入终南山。冯立既杀敬君弘，谓其徒曰：“亦足以少报太子矣！”遂解兵，逃于

那么政变时，高祖李渊在哪？又在干什么，面对这种结局他如何收场呢?据《资治通鉴唐纪七》记载：上方泛舟海池，世民使尉迟敬德入宿卫，敬德擐甲持矛，直至上所。上大惊，问曰：“今日乱者谁邪？卿来此何为？”对曰：“秦王以太子、齐王作乱，举兵诛之，恐惊动陛下，遣臣宿卫。”上谓裴寂等曰：“不图今日乃见此事，当如之何？”萧瑀、陈叔达曰：“建成、元吉本不预义谋，又无功于天下，疾秦王功高望重，共为奸谋。今秦王已讨而诛之，秦王功盖宇宙，率土归心，陛下若处以元良，委之国务，无复事矣。”上曰：“善！此吾之夙心也。”时宿卫及秦府兵与二宫左右战犹未已，敬德请降手敕，令诸军并受秦王处分，上从之。天策府司马宇文士及自东上阁门出宣敕，众然后定。上又使黄门侍郎裴矩至东宫晓谕诸将卒，皆罢散。上乃召世民，抚之曰：“近日以来，几有投杼之惑。”世民跪而吮上乳，号恸久之。从这里就可以看出，李渊对此也只能接受，毕竟木已成舟，况且兵权又在秦王手里，即使再心痛，也只能忍住，很无奈却又很现实。

李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等人均伏诛，并除宗籍。注:参考《资治通鉴唐纪七》

秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”于是诸将领停止了追杀。当天，李渊颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都交由秦王处置。注:参考《资治通鉴唐纪七》

武德九年六月初五（626年7月3日），冯立和谢叔方都自动出来负罪。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，于是他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能够忠于自己所事奉的人，是义士啊”！便赦免了他们。

武德九年（626年7月10日），李渊任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子冼马，论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。高祖还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”于是把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。

政变之前，太子冼马魏徵经常劝说太子李建成及早除去秦王。李建成败亡后，李世民传召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢?”大家都为魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”李世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。李世民还将王圭和韦挺从巂州（治所在今四川西昌）召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。