宇宙之初从一枚蛋开始，那时到处都是一片漆黑，充满了寂静，无论你往哪里看都找不到任何东西。
但突然间，一切存在了，随着蛋的破壳，阿尔宙斯成为第一个漫步宇宙的神话小精灵，世界赋予了它小精灵之神的称号。
又称-众神之神。
随着时间的慢慢演进，阿尔宙斯创造了帝牙卢卡，帕路奇犽与骑拉帝纳，分别赋予它们掌管时间，空间，反物质的力量。
自此，时间之神，空间之神，反物质之神诞生。
有了这四位小精灵之神，新的小精灵宇宙就此开始。
帕路奇犽开始扩张宇宙，为帝牙卢卡创造行星提供了空间，以便新的生命形式得以诞生。
由于帕路奇犽的快速扩张，一个现象发生了，赋予了新的小精灵科斯莫古生命。
数十亿科斯莫古散布在宇宙各处，最终定居在太阳与月亮之上，潜力强大的科斯莫古逐渐演化为索尔迦雷欧以及露奈雅拉。
自此太阳神与月神诞生。
在帕路奇犽的任务完成之后，帝牙卢卡创造了无数的行星，其中包括现在的神奇宝贝世界-地球。
地球由于生命气息强烈，于是得到阿尔宙斯祝福，而地球的第一只小精灵-梦幻，在这份祝福中诞生。
梦幻诞生之后，赋予了大地，雷电与飓风生命，随即土地云，雷电云，龙卷云诞生。
土地云祈福大地，使得土壤肥沃，雷电云带来降雨，雷雨过后土壤丰收，龙卷云搅拌大气，使得季节演替，慢慢的，人类在众生物钟脱颖而出。
自此，丰收之神，雷云之神，季节之神诞生。
由于帝牙卢卡神力不像阿尔宙斯那般纯粹，创造物中存在一些缺陷，神奇宝贝世界缺乏情感，知识和意志。
为了弥补这一点，阿尔宙斯创造了由克希，艾姆利多和亚克诺姆，赋予神奇宝贝世界情感，知识以及意志，这三只小精灵随后被送往至三大湖泊之中，现代社会被人们称为真砂湖，立智湖和睿智湖。
自此，湖泊守护者，情感之神，知识之神，意志之神诞生。
在湖泊的三点连线处，神之意志慢慢积累，诞生了名叫映照之镜的镜子，并且龙卷云，雷电云以及土地云被这枚镜子激发体内的力量，变为灵兽形态。
龙卷云以及雷电云缺乏控制自己的力量的能力，因此，它们用狂风和雷暴摧毁了土地。
在龙卷云无法控制的邪恶风暴期间，裂空座诞生于臭氧层巢穴，成为半神中的半神。
雷电云释放出的可怕邪恶意志与人类贪婪的意志结合，胡帕诞生。
最终土地云的帮助之下，二神才成功得以控制强大的力量。
在阿尔宙斯对神奇宝贝世界修复期间，骑拉帝纳控制胡帕背叛阿尔宙斯，企图夺取其王位。
由于胡帕诞生与邪恶意志之中，胡帕同意了骑拉帝纳的计划，并被赋予了一种新的形态，命名为胡帕解放形态。
阿尔宙斯很快发现并打败了骑拉帝纳，剥夺了骑拉帝纳的神圣形态，同时将其送往扭曲的世界。
由于胡帕被骑拉帝纳的邪恶祝福腐化，阿尔宙斯将胡帕囚禁在一个监狱瓶中，且由于阿尔宙斯在这场战役中元气大伤，最终前往初始之境开始了漫长的沉眠，在此之前利用人类的幸福情感，制造了一只新的胡帕，并要求胡帕保护人类。
此时，人类诞生一名名为波导勇者的强大人类，并利用波导之力，将战乱的世界变得和平起来。
阿尔宙斯将自己的传说石板之力化为人类不可思议的能力。
自此，初始之境关闭，神奇宝贝世界进入稳定发展时期。
盖欧卡在深海的高压下形成，固拉多在地球深处的岩浆中形成。
经过多年，盖欧卡不断向海洋注水，固拉多不断在地球上增加陆地。
由于固拉多创造陆地，雷吉奇卡斯诞生了，由于两只传奇小精灵对地球的未来有着不同的目标，这两位强者自然而然的成为了对手，并未争夺神奇宝贝世界的统治权而展开了战斗。
由于地球上不再有阿尔宙斯来监管，固拉多和盖欧卡获得神位。
海洋之神与陆地之神。
某种奇迹般的情况下，半神中的半神-裂空座，战胜了两只传奇小精灵，并命令他们撤退到特有的洞窟之中。
地球意志选择裂空座位天空之神，并赋予裂空座更加强大的力量-七彩斑斓石。
由于两只传奇小精灵的战斗，地球意志需要更加强大的平衡来维持秩序。
自此，哲尔尼亚斯，掌管生命的诞生，天堂的守护者，伊裴尔塔尔，掌管生命的流逝，冥界的审判者。
两者诞生之后，地球上无数的细胞构成了基格尔德，一条梦幻大蛇，维护天堂与冥界的秩序。
生命之神，死亡之神，秩序之神，在神奇宝贝世界中诞生。
数百年过去了，在这期间，雷吉奇卡斯移动陆地，创造了世界各地的大陆和地标。
在雷吉奇卡斯的旅途中，分别将十八种物质拥有的生命气息进化，共同构成了世界各个板块的柱子。
由于雷吉奇卡斯移动大陆时地壳板块剧烈滑动产生的高温，形成了席多蓝恩，掌管火山的喷发。
自此，火山之神诞生。
现在是公元3亿年前，拥有着对生命元素感知的鸟小精灵凤王在太阳中诞生。凤王发现了地球强大的元素波动随后飞往地球，并利用电，火，冰，以及自己的基因创造了三只强大的鸟小精灵，象征着凤王的漫长旅程，火焰鸟，代表着凤王诞生的炽热太阳，急冻鸟，象征着凤王孤独旅行的寒冷时光，闪电鸟，象征着地球向凤王到来时所迎接的雷鸣。
地球意志选取强大的凤王作为生命之神。
与此同时，由于DNA迅速适应环境，地球上各地种种小精灵开始演变为其他样子。（古代种向现代种改变）