原本发生在崇祯二年“己巳之变”提前了，皇太极失去了远东基本盘以后，跑到了科尔沁草原，此时蒙古高原等地区也没有多余的粮食，只能铤而走险入侵大明关内。

崇祯二年(1629年)十月，发生“己巳之变”，皇太极率数万清兵绕道蒙古，以避开忠于明朝的山海关总兵赵率教的防区。(1629年)十月二十六日，八旗军东、西两路，分别进攻长城关隘龙井关、大安口等。时蓟镇“塞垣颓落，军伍废弛”，后金军没有遇到任何强有力的抵抗，顺利突破长城，于三十日，兵临遵化城下。遵化在京师东北方向，距离京师300里。十一月初一日，京师戒严。

虽然按照朝廷分工，袁崇焕主要分管山海关外防务，蓟辽总督刘策分管关内防务。但是，袁崇焕作为蓟辽督师，对整个蓟辽地区的防务都是责无旁贷，况且后金铁骑正是从山海关外而来。

先是，十月二十九日，袁崇焕从宁远往山海关，途经中后所，得报后金军已破大安口。袁崇焕做出以下军事防御部署：

其一，严守山海关。因为山海关总兵赵率教已经调到关内，宁远总兵祖大寿也带精锐随袁崇焕入关，所以袁崇焕命前总兵朱梅、副总兵徐敷奏守山海关，防止后金乘机夺关。

分兵严守京师要道。袁崇焕命参将杨春守永平，游击满库守迁安，都司刘振华守建昌，参将邹宗武守丰润，游击蔡裕守玉田。

其三，严守京畿地区。在靠近京师东北方向的蓟州、三河、密云、顺义严密布防，防止后金从东北路入京。袁崇焕命保定总兵曹鸣雷等驻蓟州遏敌，自率大军，以总兵祖大寿作先锋，驻蓟州居中调度策应。命宣府总兵侯世禄守三河，保定总兵刘策守密云。

袁崇焕一面进行总体部署，一面阻截后金军南进，其措施是：

第一，遵化阻截。因为皇太极的军队突破了龙井关和大安口，直接指向遵化，遵化是京东的重镇，袁崇焕想把后金的军队阻截在这里，他急令平辽总兵赵率教率四千兵马，驰救遵化。他率部急驰三昼夜，行350里，到达遵化以东的三屯营。但三屯营总兵朱国彦不让入城，赵率教只好纵马向西，驰向遵化。十一月初四日，赵率教率援军至遵化城外，与后金贝勒阿济格等所部满洲左翼四旗及蒙古兵相遇，误入埋伏，中箭坠马，力战而亡，全军覆没。赵率教战死，是明军的重大损失，袁崇焕失去了最得力的大将，失去了救援京师的最佳时机。

当日，后金军进攻遵化城。后金先劝降，遭到拒绝。后四面攻城，明巡抚王元雅凭城固守，顽强抵抗。第二天，遵化“内应纵火”，遵化城陷落。巡抚王元雅走入衙署，自缢而死。城中官兵人民，反抗者皆被屠杀。接着，后金军进攻遵化东面的三屯营，副总兵朱来同等潜逃，总兵朱国彦把逃跑将领的姓名在大街上张榜公布，然后偕妻张氏上吊自尽。初七日，后金军破三屯营。明朝丧失了将后金军堵在遵化的机会。

遵化失陷，驰报明廷，人心大震，朝野惊恐。时“畿东州县，风鹤相惊，人无固志”(《崇祯长编》卷二八)。皇太极命留兵八百守遵化，亲统后金军接着南下，向北京进发，逼近蓟州。这时，袁崇焕亲自带领九千兵马，急转南进，实施其第二步想法：就是把后金的军队阻截在蓟州。

蓟州阻截。袁崇焕于十一月初五日，督总兵祖大寿、副将何可纲等率领骑兵，亲自疾驰入关，保卫北京。至此，袁崇焕在关外的三员大将——赵率教、祖大寿、何可纲，全部带到关内，可见袁崇焕已经下定决心，不惜任何代价，誓死保卫京师。初十日，袁军驰入蓟州。蓟州是横在遵化与通州之间的屏障，距离北京东郊通州约140里。袁军在蓟州阻截，“力为奋截，必不令越蓟西一步”(《崇祯长编》卷二八)。皇太极曾两次败在袁崇焕手下，这次就没有同袁崇焕军队硬碰，而是从东北方向通过顺义往通州进发。这样袁崇焕在蓟州拦截皇太极军队的计划又落空了。