丁魁寿在崇祯末年到弘光建立时一直管辖两广地区。两广地处大陆最南，地理条件又十分好，经济富庶自然是拥有雄厚的士兵，割据一方也是非常轻松的。然而，丁魁楚对于地利的认识却不同。然而他却胸无大志，日以享乐为事。他派水师到肇庆附近的羚羊峡，放干河水，在斧柯山下的老坑取砚石。行政用人方面，也是弊端丛生，“将吏以贿为进退”。当郑家被光化帝收复以后，他知道下一个就是他了，但他经营多年，并不想这么轻易的交出自己的地盘。所以他打算继续拿假太子说事，以“立贤立亲”为由拥立桂王朱由榔，以广州府署为行宫，称号永历，丁魁寿由于两广总督的地位和拥立之功，被朱由榔任命为首辅。但两广的官员并不是都服从他，在瞿式耜认为崇祯皇帝的儿子朱慈烺才是正统，另立新帝就是背叛大明，于理不合，尽管瞿式耜早就知道丁魁楚包藏祸心，但苦于实力差距太大，只能默默忍耐，私下里早就通过锦衣卫与光化帝取得了联系。
光化帝原本计划联系上瞿式耜，就让他直接去南京任命，毕竟现在他的身边忠诚又有能力的人非常少。瞿式耜觉得丁魁楚一直在招兵买马扩充实力，迟早会是朝廷的大敌。他身在广西桂林，广西地形山重水复，进可以攻，退可以守，是举足轻重的战略要地，未来一旦丁魁寿反叛朝廷，他就能从背后堵住丁魁楚的退路，在联合朝廷一起夹击。
光化帝朱慈烺在刚刚收复了福建地区，只休整了十天，一收到丁魁寿拥立桂王朱由榔的消息，立马写了一份檄文，大骂：
丁魁寿在我父皇自缢于煤山后，不想着匡扶大明江山社稷，反而拥兵自重，甚至立伪王，是可忍孰不可忍，辜负了父皇对他的信任，任命他为两广总督，他却用作私心，整天饮酒作乐，鱼肉百姓，让我大明子民处于水深火热之中。丁魁寿罪大恶极，朕作为大明皇帝，对丁魁寿发布讨伐令，凡参与诛杀丁魁寿的人皆有赏赐。
在当年八月份，光化帝发兵十万陈子龙带兵从潮州出发进攻惠州，何腾蛟带兵五万从郴州出发进攻梧州和肇庆，另外派锦衣卫联系镇守云南、贵州的沐王府沐波带三万人从昆明出发与瞿式耜在桂林兵进攻雷州、高州。由于丁魁寿被三路包围要处处设防，虽然在两广经营多年，已经扩张到十二万大军，但是随着瞿式耜在广西突然跟朝廷一起去进攻他，分走了他的两万多人，广东西面的防守出现了巨大的空缺，他不得不收紧防线，把所有的军队全部聚集到广州府，打算跟朝廷的军队大消耗战，这也让朝廷的三路大军进攻势如破竹，一路上并没有遇到什么抵抗，便收复了大半个广东。
丁魁寿被光化帝的十五万军队围困在广州，但在他看来广州城高兵多，城里的物资也非常充沛，他完全有信心抵挡一年以上，甚至更久的时间也不在话下，当然路都被封死了，完全没有逃生的希望，眼下最好的办法就是与朝廷达成和议。他想着是自己任然有近十万的军队，完全有资格跟光化帝进行公平谈判，他愿意废了桂王朱由榔，除广州以外的地盘全部交由朝廷管辖，只要朝廷能放过他，让他做个广州知府就行，他愿意立马投降。光化帝在看了兵部尚书陈子龙寄来的丁魁寿投降信以后，直接回复到丁魁寿必须全部的兵权，没有任何讨价还价的余地，朕只能答应保他全家的性命无碍，任何背叛大明的人不得在朝中任职，如果拒不投降，一旦城破就再也不接受投降，灭九族。
在丁魁寿得到光化帝的回复以后，顿时心如死灰，眼下最好的办法就是拼死抵抗，只要他撑的越久，死的人越多，他就能有更多的底气去为自己谋求一线生机。广州城在他几年的经营下巩固的坚固，以陈子龙带的大炮无法对广州城墙造成严重的破坏，当天的进攻损失惨重，损失了五千多人也未能占据一处城墙，每个城墙内又设有女墙，时不时的打黑枪，刚登上城墙的士兵，立马就被四面八方的弓箭和鸟铳给打死，后面的士兵再也不敢冲到城墙上。陈子龙不得不在中午的时候让士兵撤回去，将眼下的进攻不利的消息汇报给光化帝。光化帝就住在福州府，收到了不好的信息，立马让锦衣卫通知陈子龙每天向城内发射数以千计的箭矢，并在剑上帮着信，信上写着投降不杀以及朝廷只杀贼首丁魁寿的字样，城内早在光化帝南下的时候就让方元科联系驻守的锦衣卫在需要的时候制造一些混乱，此时广州城内的锦衣卫在看到朝廷的来信以后，便偷摸着在军队亦或者百姓聚集的地方做起了翻译，毕竟那时候的人大多不识字，乔装打扮的锦衣卫甚至在丁魁寿大肆扩军的时候就混到了军队中，发布谣言自然也轻轻松松。
到了第二天，大部分的士兵在知道朝廷不会乱杀无辜以后，丁魁寿的士兵都不愿意顶在城墙的最外边，都纷纷后缩，即使丁魁寿把多年积攒的财物全部放给他们，即使带着亲卫在后面监视着也无济于事，龟缩在城里毫无逃生的希望，士兵自然也不会给他卖命。此时的丁魁寿急的不行，在这么下去要完蛋，现在他只有两种选择，一种是开城投降，相信皇帝所谓的留他一命，另一种是乘着城破的时候换成百姓的衣服逃出城外。丁魁寿想着自己再不济也是做了那么年的两广总督，自己的人脉和能力不管投奔谁，都有立足之地，落在皇帝手里肯定活不了了。于是下定决心，立马跟身边的几个亲信说好各自带一部分财物，提前混到混乱不堪的百姓里面，当然这一切都被锦衣卫看在眼里。在丁魁寿只想着逃命以后，广州城只三天便被攻破了，几个锦衣卫偷偷的跟在了他的后面，刚出城门就被杀了，这几个锦衣卫都被赏赐百金，官升一级。