离家前，二人一把大火烧毁了自己的家，既断了自己的退路，又掩埋了他们曾进行过人体炼成的罪恶。

因为阿尔没有肉体，只有一副空空的盔甲。

所以他无法参加考试。

爱德华顺利通过考试，因为右手和左腿都是钢做的机械铠义肢，所以被赐名为“钢之炼金术师”。

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爱德华成为了国家炼金术师之后，努力通过军方资料查找能够恢复身体的方法。

终于，他们在文献中找到了一件东西——唯一违反“等价交换原则”的物品——【贤者之石】。

三年以后，在东方的小镇【里欧尔】。

这里的【太阳神教】教主【柯奈洛】利用一个疑似贤者之石的红色宝石发动“神迹”笼络了一大批教徒。

听说钢之炼金术师来到小镇，柯奈洛怕自己的野心被军部察觉，便想动手干掉兄弟二人。

他蛊惑善良的教众【罗珊·托马斯】，说他可以复活她逝去的男友，【罗珊】为了让教主复活男友，对阿尔开枪，打掉了阿尔的头盔。

他们发现阿尔只是一具空空的铠甲，没有身体。

而爱德华也在柯奈洛放出的合成兽的攻击下，露出了装着机械铠的右臂和左腿。

柯奈洛猜出他们进行了禁忌的人体炼成。

柯奈洛用手上的红色戒指发动炼金术，跟兄弟俩交手不敌，喊来了教众，对二人围攻。

兄弟二人用炼金术来路分头跑路，阿尔带着罗珊单独离开，爱德把柯奈洛引到了播音室。

在播音室，柯奈洛堵到了爱德，兴奋之下暴露了自己笼络人心，想成为一方霸主的野心。

却没想到，他的豪言壮语都被爱德和阿尔利用大钟炼制成的大喇叭广播了出去。

柯奈洛恼羞成怒想要用贤者之石杀掉爱德，却被反噬。

红色戒指在空气中粉碎，爱德这才知道，辛苦寻觅到的贤者之石竟然是假货。

爱德一气之下用炼金术操纵柯奈洛的太阳神像，击败了柯奈洛。

兄弟离开里欧尔之前，罗珊崩溃质问，问他们为什么来这里，没有了男友复活的希望让她怎么活下去。

爱德露出了自己的义肢。

爱德告诉她，自己的路要怎么走，要靠你自己去想，你不是有健全的双腿吗？

爱德二人离开之后，色欲的拉斯特和暴食的格拉托尼堵到了匆忙逃窜的柯奈洛。

柯奈洛被格拉托尼吃掉。

会变身的【恩维】变成了柯奈洛的模样，想办法稳定住了教徒们的情绪，继续在里欧尔维持着太阳神教的运行。

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离开里欧尔，兄弟找到马斯坦，向他汇报里欧尔的情况。

他们对迟迟找不到贤者之石的线索很苦恼。

马斯坦大佐向他们推荐了【缀命之炼金术师】【休·塔卡】，他是合成兽方面的专家，二年前他炼成了能够听懂人言，并且能够开口说话的合成兽。

但是那个合成兽却不愿与人交流，每天只重复着一句话:我想死。

兄弟来到了休塔卡的家，他目前单身，据说妻子在他成为国家炼金术师之前因为忍受不了贫困抛弃了他。

他还有一个可爱的女儿，妮娜，和一条叫做亚历山大的大狗。

兄弟俩道明了来意，展示了因为触犯禁忌所留下的残躯，顺利取得同意，借用了休·塔卡的图书室。

期间，他们与妮娜和大狗亚历山大玩得很开心。

经过一天劳逸结合的寻找，他们并没有在休塔卡家里发现有用的资料。

于是跟妮娜依依惜别，并约定第二天再一起玩。

妮娜开心的称呼爱德华为大哥哥。

马斯坦的手下【约翰·哈勃克】在送兄弟二人回去前，通知休塔卡，检定日就快到了。

第二天，爱德阿尔再次来到休塔卡家，休塔卡向他们展示了他的新成果——会说话的合成兽。

但是在合成兽对爱德华说出“大哥哥”的时候，爱德华明白了一切。

两年前，休塔卡用自己的妻子炼制了第一个会说话的合成兽，取得了国家资格

两年后，为了保住自己国家炼金术师的身份，他竟然用自己的女儿妮娜和大狗亚历山大做材料，炼制出了一场悲剧。

爱德华愤怒的揍了休塔卡一顿，但最终被合成兽阻拦。

听着合成兽不停地问“爸爸，疼吗？”

爱德华踢飞了休塔卡代表国家身份的银怀表，悲愤的和阿尔离开了他的家。

在雨中，马斯坦大佐找到了消沉的兄弟二人，告诉他们:

恢复身体，是一条艰难的路，以后可能相似的事情他们会遇到更多。

爱德在雨中怒吼:不论如何他也要恢复自己和弟弟的身体，但是他们既不是神明也不是恶魔，只是普通的渺小人类。

他们还在为自己不能为妮娜做什么，而陷入深深地无力感的时候，一个杀手已经找到了休塔卡。

他二话不说，杀掉了休塔卡，看到可怜的合成兽，他表示自己不能帮到她，所以只能给她解脱。

于是妮娜和亚历山大留在人间的最后印记也在这一天彻底消失。

这个人，就是在伊修瓦尔歼灭战中幸存下来的大佬弟——斯卡。

这一段时间，已经有不少国家炼金术师死于他手。

甚至包括巴斯特格兰准将这种战力强横的存在。

与此同时，里欧尔正在发生着一场人间悲剧。

兄弟二人离开不久，里欧尔就在变成柯奈洛的恩维煽动下，掀起了一场残酷的暴乱。

这正是另一场被精心布置的【血印】。

爱德和阿尔听说了休塔卡和妮娜合成兽的死讯，变得更加消沉。

却不成想，斯卡却找上了身为国家炼金术师的爱德。

斯卡轻易打败了兄弟二人，爱德的右臂被分解，阿尔的身体也被打烂，就在爱德要命丧斯卡之手，马斯坦带人赶到，救下了兄弟二人。

在【豪腕炼金术师】【亚列克斯·阿姆斯特朗】的牵制下，号称【鹰眼】的【莉莎·霍克艾】一枪打掉了斯卡的墨镜，露出了他的红色眼睛。

众人震惊于斯卡是伊修瓦尔人的时候，斯卡趁乱逃走。

兄弟二人在【阿姆斯特朗】的护送下，坐火车回里森堡，修复机械铠和阿尔的身体。