洪承畴面如死灰，想要说些什么，却又说不出口，只是喟然一叹。卢善元在一旁说道：“圣上此言差矣，洪督师乃性情中人，生命只有一次，又有谁不惜命？实话实说而已，既然已经战败，死不死其实都已经于事无补。当年之事，我最近也稍有了解，洪督师之错，错在于未能坚持防守的原则，当然此是后话，不身处其中之人肯定是不了解的。况且先帝在位之时，洪督师也并未为建虏效力，唉，历史的功过自有后人评判，我们也不必太过在意。洪督师大才，如果不弃就到军中任职，圣上到了南京，参谋长这个职位也该卸下了，刚好请洪督师就任，还望洪督师不要嫌弃为是？”说完，还起身向着洪承畴行了一个礼。
洪承畴一时愣住，朱慈烺却笑骂道：“小哥，你可太不厚道了！洪督师我是要拜为大学士的，你还想撬我墙角？再说，我这参谋长当得挺好的，你凭什么免我的职？想得美，我可不同意！”
卢善元却冷冷地说道：“参谋长是军中重要的职位，你好好当你皇帝，瞎掺和什么！”朱慈烺马上换了副面孔，谄笑着说道：“小哥，你也知道，以后我会实行内阁负责制，基本上民事我都不会参与，这皇帝当得轻松得很，多当一个参谋长才能发挥我的聪明才智，这参谋长我可当定了，我看谁敢跟我争！反正军中都是你说了算，最多我以后听你的话还不行吗？”
“胡说！什么叫我说了算，我军实行的是集体决策制，选择最优方案执行。战时才是主官决策机制，那只是因为战时需要更迅速的决策，懂吗？看来北伐时前敌指挥部是白搞了。”卢善元瞪了他一眼说道。
“是，是，集体决策，我们北伐时也是这么干的。所以内阁我也准备这么干，等会我找六个大学士，首辅两票，其他人一人一票，刚好可以分出胜负，投票决策最是公平。朕再安排监察人员看看决策执行情况和效果，如果效果不佳，再返回内阁讨论，基本套路我都懂。”朱慈烺见卢善元不再坚持免了他的参谋长，连忙解释道。
洪承畴目瞪口呆的听着两人的对话，实在想不到有人居然和皇帝如此对话，显然这个年轻人与皇帝的关系决不简单！
见到洪承畴的神情，朱慈烺笑着说道：“朕以为，君臣之间其实就象时常一起工作的朋友一样，工作时一起讨论，私下里也可以成为朋友，没必要搞得那么严肃，不然大臣们有话都不敢说。所谓兼听则明，大部分内阁大学士都认为是对的是，如果朕一定要反对，那要么朕是自我膨胀，要么就是朕蠢。所以，以后洪大学士认为朕有什么做得不对的，也可以当面直说，没必要藏着掖着，事情没做了，反而闹得心里不痛快、君臣离心，何必呢？”
洪承畴一听，马上跪在地上，哭着说道：“罪臣谢圣上隆恩！”朱慈烺上前一把扶起他，说道：“洪爱卿，朕早就说过取消跪礼了，你以后再跪，朕可就生气了。”等洪承畴起身后，朱慈烺接着说道：“爱卿放心，朕心里是明白的，功即是功，过即是过。爱卿原先为大明南征北战、殚精竭力，这是大功，以足以抵你为建虏效力之过。况且，爱卿使南京免于战火，也是大功一件。只不过由于先帝原因，朕心里有一些小小疙瘩，不过这不是什么大事，只要爱卿尽心做事即可，望我们君臣同力，早日打回北京，不负先帝之恩即可。”
卢善元不禁暗暗竖起了大拇指，果然是经过帝王之术培训的，这拿捏人的方面还真是自带基因，这下洪承畴这种老狐狸估计都要上当。果然洪承畴大为感动，一直表态一定尽心做事，好好辅佐皇帝。
次日，船队抵达，经过短暂休息后，朱慈烺举行了拜相典礼，此次增补三位阁臣：林增志、蒋德璟、洪承畴，这样一来，内阁人数增加到了六人，基本上完善了内阁。同时为了保证内阁对六部的领导，由方逢年担任礼部尚书，洪承畴任户部尚书，蒋德璟任吏部尚书，项煜任刑部尚书，林增志任工部尚书。
当然内阁的成员主要还是以内阁事务为主，只不过挂名而已，具体六部的事务由左、右侍郞负责。内阁成员对此并无意见，毕竟多一份职务总归是好的。接下来的五部左右侍郞除了已经任命的，就由内阁推举报皇帝批红即可。
确定了主要领导后，在卢善元的建议下，朝廷召开了扩大会议，主要是对后续的军事战略以及军事改革进行审议，所有侍郞以上官员参加。会议预期两天，审议由大都督府提交的军事改革方案。
军事改革方案由王立度汇报，在这么多大臣面前他稍显紧张，但随后发挥正常，清晰的把军事改革的主要内容汇报清楚，此次改革将军队分为两个部分，一部是陆军，一部水军。其中陆军分为四级：野战军、守备军、民兵、幼军。
野战军分为四个军团，由原四个野战旅扩充组建，每个军由四个野战师、一个骑兵旅、一个侦察旅、一个炮兵旅、一个工兵营、一个辅兵营组成。每军总人数为三万七千四百伍十余人，一军由张世鹏任军长、应康远任副军长。二军由陈金勇任军长、秦武任副军长。三军由厉江雲任军长、许嘉应任副军长。四军由徐复生任军长、李炳添任副军长。
守备军以府为单位，每府驻扎一个旅的部队，除了完善守备任务外，还需要负责领导和训练当地民兵和幼军，守备军军长由胡晶担任，陈余、应康波、金声、阎应元任副军长兼师长，他们三人分别负责苏南、浙江、皖南及南京守备，守备军设立的原则是每个县一个营，每个府一个团，每个布政司一个师，编制人数是这样，不过具体守备地点和人数则由各师自行调配，原则上边界守备防外敌，内陆守备防民乱。
水军由吴昜为军长、卢象观为副军长，水军目前的主要任务就是防守长江。四总部人员也进行了调整，参谋长由杨廷麟接任，王立度辅之。政治部由徐世威接任，王期升辅之。后勤部还是由厉江夏负责，孙兆奎辅之。
军事改革内阁本身也没有参与，此次汇报也仅仅是知会一下，几位内阁大佬倒也没有意见。接下来，王立度汇报了大都督府的军事战略。
这个军事战略是由卢善元主导，参谋部完善的战略。在介绍军事战略前，首先介绍了目前的形势。目前朝廷控制的是浙江面政司除绍兴、宁波、台州的全部，这三个地方目前基本上威胁也不大，预计很快能够收回。南直隶江南部分除松江府李成栋部外已全部收回，目前已有两个旅的兵力前往，收复只是一个时间问题。
南方的福建、广东、江西大部目前由唐王政权控制，云贵目前还不清楚情况。河南一部、湖广大部目前被何腾蛟掌控，不过他们承认福建政权。四川处于张献忠控制之下，其他北方大部都在清廷控制之下。
基于这样一种形势，参谋部的策略是西、南方向以守为主，不首先挑起战事，以政治谈判为主，军事为辅。而对于北方，则以军事进攻为主，争取用一两年时间占领两淮，收复黄河以南区域。
鉴于以上战略，参谋部的安排是一军驻守南京，负责保卫朝廷，同时作为全军的预备队。二军进驻池州府，负责经略安庆府与庐州府，三军驻太平府，负责经略和州、滁州等地，四军驻镇江，负责经略扬州府、淮安府。三军收复这些府州后，再进军收复凤阳府、徐州府等地，当然这要看到时的军事进展情况再定。