故事的开始是在另一个宇宙，名为守望者宇宙，一个名为乔纳森·“乔恩”·奥斯特曼的科学家，一直在进行一场物理实验。

30岁时，乔纳森第一次恋爱了，他在同事的介绍下，认识了珍妮，也就是他的妻子。

此后他进入了甜蜜的婚后生活。

在一个看似平常的日子里，乔纳森又进行了一次物理实验，然而，这次实验却发生了意外。

乔纳森为了给珍妮一个惊喜，把珍妮的坏掉多时的手表修好了，但是遗忘在了量子转换机房里面为了取回这块对他意义非凡的手表，他毫不犹豫地决定进入了量子转换机房，当乔恩走进量子转换机房里时，机房的门被锁了起来。

乔纳森想要跑出去，但是无济于事，门像是被人从外面焊死一般，无论怎么样都打不开。

这时，量子转换机房被启动，一股强大的能量场瞬间将他撕碎、蒸发。

他的肉体在瞬间毁灭，意识似乎也被吞噬进了无尽的黑暗之中。外界的人们都以为他已经死去，然而，他的意识却并未完全消散。

在接下来的日子里，乔纳森的意识开始尝试逐渐重新获得物质形态。

他首先重塑了自己的神经系统和大脑，恢复了思考和感知的能力。接着，他又重塑了眼睛，重新看到了这个世界，随后，循环系统、骨骼和肌肉也一一重塑完成，最终，一个全新的生命体诞生了。

重生后的乔纳森拥有了超乎常人的力量，他能够控制粒子、预知未来、变化形态，几乎拥有了堪比上帝的能力。

然而，这份力量也带来了副作用——他失去了人类的情感，他的眼神变得冷漠而深邃，仿佛能看穿一切虚伪和谎言。

美国政府依赖于乔纳森，人们开始称呼他为曼哈顿博士，随着时间的流逝，乔恩的思维方式和人类越来越遥远，妻子也离他而去。

在那之后，他认为自己爱上了丝魂二世，因此加入了守望者团队，他帮助美国打赢了越战。

他默默地注视着笑匠杀死了一个孕妇，但他却想不到做出什么表情，这时候，他才意识到了，他失去了人类的情感。

之后的日子里，一个名为法老的人引导人们，让人们误认为曼哈顿博士会导致更多人患上癌症。

法老先用超光速子流干扰了曼哈顿博士的预知未来的能力，再利用曼哈顿博士所创造的力量，破坏了世界上数个知名大城市后，冷战中的各国团结了起来，世界和平了。

然而曼哈顿博士被认为是一切灾祸的根源，人们开始谴责他，法老说服了他，让他认为这是让世界和平的方法，于是，他杀死了准备揭发这一切的罗夏，并离开了地球，并彻彻底底离开了守望者宇宙，去往了其他宇宙。

机缘巧合下，他来到了主宇宙，在这个宇宙，他看到了很多让他感到好奇的事情。

于是他穿越在时空中，做出了一些改变，由此，他创造出了一个又一个分支，这些分支就成为了一个又一个平行宇宙。

在这个过程中，他对一个人物产生了无限的好奇心，宇宙经历过很多次重启，但每次重启都是以超人到达地球为起点。

对于未来，曼哈顿博士的无限观测能力受到了干扰，每次观测超人，他能看到的最后一幕——就是超人向其挥拳而来，接下来，他就陷入了一片黑暗之中。

究竟是超人终结了他，还是他终结了一切......