之后苻丕与慕容垂又交战了一年多的时间，致使整个河北都发生了严重的饥荒，到处都是人吃人的景象，城邑村落全部萧条。后燕的很多士兵都饿死了，慕容垂只得下令禁止百姓养蚕，好保留桑树的果实作为军粮。

同样蠢蠢欲动的还有羌族的姚苌。因兄长被杀，不得已而投降的他本就与前秦有着血海深仇，于是趁着前秦兵败，姚苌迅速前往陕西、甘肃地区煽动了一批豪强拥立自己为王，建立了五胡十六国中的“后秦”。之后他率兵在北地（陕西）驻扎，有十万户羌族背叛前秦来降。

不久，苻坚亲率两万士兵前去讨伐，多次打败后秦的军队，将他们团团围住。当时天干物燥，后秦军队驻扎的地方又没有水井，不少人因干渴而死，将士们都十分恐慌。结果突然天降大雨，两军对阵之地积水达到三尺那么深，于是后秦的军势又再度振奋起来，就连苻坚都不禁叹息：“看来，真的是天要亡我！”

趁着苻坚与姚苌对阵之际，慕容氏的另一分支——慕容冲突然向长安袭来。原来，当慕容垂选择专心攻伐河北来恢复前燕本来的国土之际，前燕的皇室宗亲——慕容玮的弟弟慕容冲也在山西起兵，但他的目标却是向西剿灭前秦。

苻坚刚被姚苌所败，手下几十个将领都被俘虏，又听说慕容冲距离长安越来越近，只得在疲于奔命之间紧急回防，还将洛阳和益州的十万守军全部调回了长安，自此失去了对河南和四川的统治，然而也只是强弩之末，很快就再度为慕容冲所败，就连小儿子都被杀害。

正当兵败如山倒的苻坚不断懊悔自己往日之决策时，前秦的吕光却还在西域大杀四方，孤军深入的他刚刚率领骁勇精锐大败了七十万西域联军，降服了三十多个国家。之后他顺利进入各国城池，发现很多地方都跟长安一样繁华美丽。很多之前未臣服的国家听说了吕光的威名后也都纷纷前来投诚，还将早在汉朝时期就赐予他们的符节献出。吕光将这些见闻全都上奏给了苻坚来显示自己的功绩斐然，只可惜对于此时的前秦已没有太大意义。

吕光因为龟兹国（新疆）富饶安乐，就想久留于此，有位天竺僧人为他卜算道：“此处为凶地，将军应尽快返回东方，途中会遇到更好的去处。”吕光设宴犒赏士卒并询问他们的意思，众人也都思乡情切，于是吕光下令用两万多头骆驼载着这一路搜刮到的奇珍异宝，浩浩荡荡的返程向东。等他抵达河西（青海、甘肃）时，有人劝说凉州刺史：“吕光兵力强大，又刚刚击破西域，气势高涨，他听说中原大乱，定然别有意图。我们河西拥兵十万，足够自保，如果让吕光顺利入境就很难再抵挡他，不如守住几个重要关口再截断他的水源，那样就能生擒他了。”可惜刺史不愿听从。

吕光听说这个计策后也是吓出一身冷汗，立刻下令快速行军，迅速攻克了玉门（甘肃）并最终俘获了凉州刺史。之后吕光不断攻占附近州县并自称凉州牧，建立了五胡十六国中的“后凉”，得到了不少外族的归附。

慕容冲领兵直逼长安，在城下喊话苻坚道：“如果你能明白天命所在，就请释放我们燕国的皇帝慕容玮，然后自绑双手出城投降，我们燕人早已受够了之前的困苦，如今只想代替你们氐族重掌天下！”慕容冲年少之时就深受苻坚的关爱，甚至在《晋书》中被记载为男宠式的同性之爱。苻坚想要唤起慕容冲对自己的旧情，特地命人给他送去自己的锦袍，结果反遭慕容冲拒绝：“我现在志在天下，哪是这些小恩小惠所能填补？”苻坚得知后十分愤怒：“都怪我当初没有听从王景略和苻融的谏言，以至被这些鲜卑贼虏欺侮到这个地步！”

姚苌的下属也都劝他进攻长安，对苻坚形成夹击之势，但姚苌却反对道：“燕国人急切地想要返回故土，即便攻占关中也不会久留，早晚都是我们的，还不如暂时驻军以休养生息，等待前秦灭亡、燕军离去后再坐收渔翁之利。”

姚苌的分析十分准确，而慕容垂之所以不愿向西进攻也同样有此考虑，与其背负弑主骂名又难以得到尺寸之功，还不如还给苻坚一份恩情，并满足属下士民重返故乡的愿望。比起姚苌和慕容垂，慕容冲的政治智商就没那么高了，他本可以坐观前秦与后秦两败俱伤，结果偏要插上一道，把苻坚的恨意全都吸引到自己身上，最终让姚苌捡了便宜，可能也与他当过苻坚的男宠，内心充满羞辱愤恨有关吧。

眼见慕容氏再度强盛，慕容玮便也有了反叛之心，趁着长安城中尚有一千多鲜卑族人，于是他假意请苻坚来家中饮酒，实际却暗中伏兵想要将他诛杀，结果刚好天降大雨让苻坚躲过一劫。之后事情败漏，苻坚下令召见慕容玮，左右都劝慕容玮赶紧杀掉使者闯出城门逃跑，但是胆小的他还是心存侥幸，以为苻坚仍会像往常一样宽恕自己。然而这次苻坚不会了！最终，苻坚不仅杀掉了慕容玮一家老小，还将城内的鲜卑人无论男女老幼一律诛杀。

385年正月，距离淝水之战刚过去一年多，苻坚带领群臣举行了祭祀，并设宴犒赏。当时的长安由于久经战乱正发生饥荒，许多人只能靠吃人肉度日，那些参加飨宴的将军都偷偷将肉含在口中，等到回家之后再吐出来给自己的妻儿父母充饥。

关中地区仍有很多人支持苻坚，先后有四万氐族、羌族前来归附，新平（陕西）守将更是为他死命抵御前来进攻的姚苌。可惜不久城中粮草耗尽，弓弩也都用尽，姚苌特意派人劝降新平的军民：“我正欲以大义夺取天下，最欣赏的就是你们这些忠贞之士，只要你们开城投降，我愿打开通路，放你们回长安！”众人听信了他的承诺，五千多士民全部出城，结果反被姚苌围杀，男女老少一个活口都没有留下——姚苌之卑鄙可见一斑。

5月，慕容冲再次攻打长安。苻坚亲自督战，被飞来的乱箭射得遍体鳞伤，流了很多血。慕容冲放任手下士兵在关中残暴劫掠，致使许多道路都被阻绝，大批百姓全都流离失所，千里之地难见人烟。有不少百姓自发结盟，冒着战火跑去给苻坚运送粮草，还有一些主动请命成为前秦军队的内应想要偷袭慕容冲，结果都被慕容冲所杀。爱民如子的苻坚特意下诏：“你们的忠义让我十分感动，然而目前的形势已非一人之力所能解决，我不愿看到你们白白送掉性命，还请为了国家珍重自爱。”

眼见危难距离自己越来越近，身边又再无王猛这样的股肱之臣为自己解惑，苻坚只好将全部希望都寄托于玄学。他听说陇西之地有一位隐士拥有奇异仙术，能够预知未来，便派人前去邀请，每次行事前都要向他咨询能否。后来苻坚又因算卦中的一句：“国君离京方能长治久安”，竟然真的离开长安向西逃往了五将山（陕西），只留下太子守城。不久太子也弃城逃往东晋，长安被慕容冲攻陷。

而姚苌听说苻坚逃亡后，不愿再放虎归山，立刻率军前去包围。前秦的士兵全部溃散，只剩下十几个侍从还守在苻坚身边。苻坚则神色自若，坐在原地一动不动，一直等到后秦的军队将自己擒获。姚苌向苻坚索要传国玉玺，苻坚怒目斥责：“小小羌人竟敢威逼天子，五胡之中都没有你们的名号还想妄自称尊，玉玺我早已转送晋朝，你们是不可能得到了！”

苻坚自问对待姚苌不薄，却反被恩将仇报，内心越发愤恨，数次痛骂他以求一死，他不愿自己的亲属受到羌兵侮辱，于是亲手将他们杀害。

385年8月，辛丑日（26日），姚苌下令于将苻坚勒死于一间佛寺内，就连后秦的将士都为他感到哀痛——如果再来一次，苻坚还会选择当活菩萨吗？如果王猛没有那么早死，这一切还会发生吗？可惜历史没有如果，命运也反复无常，更神奇的是，没有人会想到，在遥远的将来，王猛的子孙会亲手为苻坚报仇。