于是乎，他们以神树为基，铸造巨舰，只留下了它的根系，这个作为最后的“种子”，待到新家园，这个根系将会被重新种下。

几百年过去了，最早的精灵族也死去了，但是巨舰终于在外太空拼接成功了，他们开始登舰，并且带走了一切能带走的东西，告别了母星，这颗即将被这个星系恒星吞没星球。

但是好景不长，他们的导航似乎出了问题，把他们带到了一个宇宙乱流之中，在这里，他们的引擎被破坏，巨舰也被乱流带到了一个无人的荒芜深空之中。

精灵王充满了绝望，既然无论如何也离不开这里……那么就把巨舰当成新家园吧，于是精灵王开始愚化他的子民，打压他们的进取精神，因为精灵王知道，这是没有用的，荒芜深空之中，根本就不是一个取巧制造巨舰的文明可以逃脱的。

过了不知道多少年，巨舰内的精灵文明爆发起义，推翻了精灵王，开启了选举制度，并且派出全部的战舰，希望他们可以走出荒芜深空，待到有希望时，能回来拯救自己的神树。

但是好景不长，和外派舰队失去联系后，神树就枯萎死了，似乎是暗示着文明的凋谢……

现在是距离神树死亡的第100年，作为神树最后诞生的双胞胎精灵，她们终于长大了，从种子里出来了。

姐姐被发现了领导天赋，成为了新的女皇，妹妹似乎是一个灾祸……但作为真正意义上的神树最后的子嗣，她还是成为了圣女殿下。

此时的巨舰内，女皇苦苦支撑着文明，因为新一代的精灵的诞生和两性繁殖的精灵长大，越来越多的精灵不理解为什么不放弃这艘巨舰，整个文明都开始了波动。

终于，大乱来了……

这一战……

……』

特殊任务剧情：

『巨舰来了一个不速之客，他们似乎也被困在了荒芜深空之中，但是他们似乎有逃离的手段？

而你，将扮演圣女，寻找文明的真相，而不速之客，是否与其合作？

一切的结局都取决于你』