叶向高很快离职，局势发生了巨大变化。起初，魏忠贤当庭杖责工部主事万燝，以此震慑朝臣，随后又因夏嘉遇、魏大中与御史陈九畴的争执，立即对他们进行贬谪，随后又将东林党人全部逐出朝廷，并掀起一场大狱，酿成了清流大臣的浩劫，国家几乎陷入危亡。尽管此事有魏忠贤的奸佞同党如崔呈秀等人暗中作祟，但东林党人也不能说毫无责任。他们虽高谈阔论，但在实务上却无所建树，因名利地位的争夺又导致内部猜忌滋生。他们对于异己分子，即使是清廉之士也要排挤；对于依附自己的人，即使是污浊之辈也要接纳。即使那些东林党的领袖人物，尽管直言敢谏、值得尊重，但嫉恨他们的人也很多。
魏忠贤得势后，大量任用奸邪之徒如崔呈秀等人，在全国上下如同疯狂般作恶，四处出击兴起大狱。杨涟、左光斗、魏大中、周顺昌、周宗建、李应升等人被投入诏狱，饱受酷刑而死，天下人为之痛惜。但仍有大量人称颂魏忠贤的“功德”，请求为他立祠祭祀，朝廷群臣无论上疏还是私议，都必以皇帝与魏忠贤并称。魏忠贤一门中有三人封公封侯，权势之大远超刘瑾十倍，人们在他面前无不小心翼翼地站立，不敢轻举妄动。此时，忧国之士已经感到国家有改朝换代的趋势。
尽管崔呈秀等人虽然凶恶，但实际上才智平庸，不值一提。熹宗皇帝驾崩后，魏忠贤呼唤崔呈秀密谋许久，却无计可施。崇祯皇帝即位后，神明自持，魏忠贤一党虽然在朝廷内外遍布，但他们并未察觉自己已处于劣势。朝中大臣钱元悫、陆澄源以及贡士钱嘉征等人先后弹劾魏忠贤，魏忠贤和崔呈秀最终自缢而死，其党羽都被罢黜，凡是之前被魏忠贤罢黜的大臣，都被朝廷再次起用。
崇祯皇帝重新审理魏忠贤逆党案，励精图治，多次召见群臣询问意见，每次发表意见，大臣们都无人能及。天下人对崇祯帝寄予厚望，期待国家能长久太平。东林党人昔日被魏忠贤残酷迫害，那些存活下来的东林党人，人们无不推为名贤，而被魏忠贤收用的人，则被视为下流之辈。人们普遍认为，君子与小人的界限，在此时已经分明。此时明朝诸位贤臣政治地位的死而复生，全靠崇祯皇帝的恩典，他们本应该团结一致，为国分忧以报答皇帝。然而，他们却急于求成，喜好议论弹劾他人，对逆耳之言心怀怨恨，接纳那些附和自己的人，缺点毛病跟以前一样。久而久之，崇祯皇帝便对东林党人产生了怀疑，认为他们偏袒一方。在朝廷推举选拔阁臣时，钱谦益与周延儒才名相当，钱谦益试图压制周延儒使其无法上台，温体仁便趁机上疏弹劾钱谦益，并提及钱谦益曾经涉及科场丑闻。崇祯皇帝大怒，当面质问钱谦益，御史章允儒为他激烈争辩，被崇祯皇帝逮捕并罢黜，钱谦益也被罢黜归乡。党争之祸再次爆发，但群臣仍无所作为，不思以实绩回报崇祯皇帝，只是一味攻击温体仁、周延儒二人。但彼此攻击越激烈，崇祯皇帝就越怀疑他们。
此时边境危机日益加深，崇祯皇帝认为群臣无一人可信赖。史可法、袁宏勋等人弹劾内阁大臣韩矿、钱龙锡，迫使他们被罢免，钱龙锡不久因涉及袁崇焕案被捕入狱。周延儒成为内阁首辅，温体仁也相继进入内阁，朝廷党争被崇祯皇帝深恶痛绝。崇祯皇帝深知两党各自因为私仇相互攻击，不愿偏听偏信，因此在内阁中重用攻击东林党的人，而在言官中则多为东林党人。当时又有复社闻名天下，复社继东林党之后崛起，其门徒众多，文采斐然，足以改变一时风气，即使朝廷论议也常常提及他们，但无法阻止其崛起。周延儒与温体仁因权势相争，不久就各自离心，周延儒被罢免，温体仁担任首辅掌握朝政。温体仁便引荐薛国观接替他担任阁臣。周延儒聪明而贪婪，温体仁清廉而阴险，薛国观才智不如两人，但傲慢与偏狭与他们相同。
此时流寇之患日益严重，但朝廷始终无法提出有效的对策。温体仁被罢免后，薛国观也因贪腐被赐死，他的事情是被东厂揭发。人们都传言大臣吴昌时是幕后黑手，但实际上也是薛国观过于偏狭，崇祯皇帝内心厌弃他，而非他人所为。不久，崇祯皇帝再次召见起复周延儒与张至发、贺逢圣等人，张至发不愿出仕，贺逢圣不久因病归乡。周延儒趁崇祯皇帝后悔之前误信谗言之际，赦免百姓拖欠的国家赋税，宽恕罪犯，并将之前遭到罢斥的大臣大多重新起用。他还救下了翰林黄道周，避免他遭受刑狱之灾，一时之间名声大噪。原来，周延儒被罢相后，其门人张溥、马世奇等人以道德公义感动了他。吴昌时与周延儒关系密切，周延儒接受了他们的建议，因此他的举措完全与过去相反，原先被排斥的人也被起用。
然而，周延儒本性贪婪，看到舆论都推崇自己，便变得更加放纵，他受贿数量不断增加，但此时崇祯皇帝十分虚心听取他的意见。张溥死后，马世奇想远离权势，不愿进入京城，周延儒身边都是小人，朝政每日俱下。崇祯皇帝对他怀恨在心，很快就将周延儒免官，让他回乡。后来吴昌时被处死，皇帝不解气，让然将周延儒押解至京，逼令他自杀，如同对待薛国观一样。周延儒虽然为政宽厚，再次出山后所行也多为善政，但死后无人怜悯他，因其过于揽权和贪婪受贿。当时，那些名流大臣仍在朝中，但处事多为空谈，对国家并无实际贡献。流寇攻入京城后，崇祯皇帝以身殉国，而群臣几乎没有跟随他赴死的。因此，世人对这些文臣更加痛恨。然而，像范景文、李邦华、倪元璐、刘理顺、马世奇、成德等人英勇赴死，他们的事迹光照日月，即使是仇敌也不能不推崇他们。
南明朝廷建立后，当时国家形势危如累卵，大臣们即使摒弃不同政见，专心一致忧虑国家之事，尚且难以支撑大局，结果却是朝廷党争更加激烈。当时就拥立哪位藩王为皇帝之事，凤阳总督马士英写书信与史可法商议，信中提到了立贤的话，南京兵部尚书史可法认为马士英意有所指、支持立贤，于是与姜曰广、吕大器等人回信马士英，信中提到了福王以往失德之事。而当时钱谦益虽然闲居在家，但也往来于江上，有意拥立潞王，认为福王因“三案”的旧事与东林党人关系不合。马士英得到史可法回信后，立刻与大将黄得功、高杰等人以此为攻击史可法的口实，力主拥立福王为帝。他们所主张的血缘远近之说虽然正确，但马士英此举与最初的书信内容不符，史可法等人实际上是被马士英所利用。福王即位为弘光帝之初，任命史可法为内阁首辅，是意图以此聚拢天下名流收买人心，等到马士英一到南京，史可法就被派出在外为督师。马士英推荐了阮大铖（阉党余孽），南明朝廷上下极力反对，但最终弘光帝还是以中旨起用他为兵部侍郎。
阮大铖入朝后，立即着手翻查旧日阉党逆案，对那些清流派官员进行处置。御史刘宗周以奏疏抗争，但马士英、阮大铖在朝内倚仗宦官势力，在朝外勾结藩镇大将，并拉拢勋贵大臣以巩固自己的意图。他们一心想要驱逐刘宗周等清流官员。自此以后，宦官与勋贵势力相互勾结，变得难以制约。贿赂之风盛行，那些被查处的官员，因贪腐被纠劾的败类和贪墨累累者，纷纷得以官复原职，甚至有人多次被破格提拔。当时，有人因在拥立新君之事上持有不同意见，加之涉及以前的三案旧事，激起了弘光帝愤怒，但弘光帝本性宽仁，不愿掀起大规模的冤狱，故清流官员并未遭到大规模清洗，结果最终导致左良玉因清流派官员群情激愤，在外发动了清君侧的行动。马士英调动所有精锐兵力以防范左良玉，然而当左良玉大军抵达淮安、扬州时，满朝文武竟都声称不用忧虑，甚至有人企图借此机会彻底击垮左良玉。当时有见识之士指出，如此混乱的政治局面，众多邪恶之徒都在朝中，实在罕见。结果清军一渡过长江，国家局势便迅速崩溃。马士英、阮大铖之流，手握重兵，却望风而逃，实在令人痛心！
不论是东林党还是攻击东林党的一方，在国家大事上都不能说毫无责任。平心而论，东林党的领袖人物起初是顾宪成、邹元标等贤人，后来是杨涟、左光斗，再后来是文震孟、姚希孟，最后还有张溥、马世奇等人，他们以文章气节闻名一时，而攻击东林党的一方，起初是沈一贯，接着是亓诗教、赵兴邦，再是魏忠贤、崔呈秀，然后是温体仁、薛国观，最后是马士英、阮大铖，他们都不被朝廷舆论所接纳。但东林党内部也存在不少败类，而攻击东林党的一方中也不乏具有清廉、独立操守之士。当然，两党领袖之间的差距犹如天壤之别。东林党虽然秉持高尚的言论，但在筹划抵御外敌、平定内乱的实际措施上并无实效。攻击东林党者自诩孤高清傲，但从未真正为朝廷整顿法纪，他们只是凭借着言语的刻薄尖酸胜过他人，可以说是为了个人私仇而不是国家公义。无论是东林党还是攻击东林党的一方，在国家大事上都同样无济于事，都受到人们的指责。附庸东林党的人大多品行不端，贪财者、狡猾者皆出自其中，然而，清流大臣仍能占据主导地位，有时也能公正地选拔人才，行贿者尚且羞于被人知晓。但攻击东林党的人则唯恐行贿不足，到了魏忠贤、崔呈秀掌权时，南京当时的政局就已经明目张胆地以权谋私利，却不以为耻。东林党初期尚有气节，常与宦官为敌，即便是贤良的宦官王安，也只是仰慕贤良之士，并非是东林党与宦官勾结。等到东林党衰落、求胜无门时，就有部分东林党人铤而走险与宦官结交，这种情况在崇祯末年时有发生。在神宗皇帝时期，攻击东林党的人中，那些宦官尚未掌权，也还没有大臣与太监相互勾结的情况。自从崔呈秀等人尊崇魏忠贤为主后，大臣们谄媚宦官的手段无所不用其极，颂扬像王莽一般的魏忠贤的功德，实为天地间的一大怪事。直到南明朝廷时期，与宦官勾结者更是趾高气昂，生怕别人不知。
两党中最令人痛恨之处在于，他们热衷于迎合附会，只要有人提出中庸和解之策，便怀疑他是异己政敌，必定加以攻击，即使有贤良之人，也畏惧他们的舆论攻势而不敢坚持真理，更有甚者，因朋友、亲戚、门生故吏等牵连关系，还必须多方防范，极力阻止他们一并发展进步，以至于矛盾激化，冤冤相报，前仇更深，身家两败，国运也随之衰落。可以说，他们都是太祖皇帝的罪人。然而，后世对他们的评价，却始终是贤、邪两立，泾渭分明，没有把他们看做是同一类人。我也曾因前辈所爱重，试图将他们归入清流之列，但我并不因此而存有偏见，只是平实地陈述事实，希望能让鬼神见证。（这篇文章出自明末抗清大臣夏允彝。）