夏四月，湘王朱柏无以自明，自焚而死，齐王朱榑、代王朱桂因罪废为庶人；六月，岷王朱楩有罪，废为庶人，流放漳州。

在建文削藩的过程中，朱棣也为起兵造反做了充分的准备，建文元年（1399年）六月己酉，燕山左护卫千户倪谅将朱棣密谋兵变的消息上报，朝廷下诏逮捕燕王府官僚，旗校于谅等人因此被诛杀，而北平都指挥张信则背叛朝廷，投降了朱棣。

建文元年秋七月（1399年8月），燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”,史称“靖难之役”。

建文朝廷和燕王之间开始了一场持续三年的军事对峙。

靖难之初，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。

南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国，朝鲜国王李芳远都公开表示支持朱允炆打燕王。

但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。

随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。

直至节节败退，许多将领投降了燕王。

建文四年（1402年）五月二十日，朱棣率师抵达长江北岸的南京龙江驿，朱允炆无力抵抗，只得下罪己诏，并派庆成郡主（庆阳公主）与朱棣谈判，以割地为条件要求停战议和，但没有成功。

同时，朱允炆颁布勤王诏书，下令天下勤王：“朕奉皇祖宝命，嗣奉上下神只，燕人不道，擅动干戈，虐害万姓，屡兴大兵致讨。近者诸将失律，寇兵侵淮，意在渡江犯阙，已敕大将军率师控遏，务在扫除，尔四方都司、布政司、按察使及诸府卫文武之臣，闻国有急，各思奋其忠勇，率慕义之士、壮勇之人，赴阙勤王，以平寇难，以成大功，以扶持宗社。呜呼！朕不德而致寇，固不足言，然我臣子其肯弃朕而不顾乎？各尽乃心，以平其难，则封赏之典，论功而行，朕无所吝。故兹诏谕，其体至怀！”

六月十三日，朱棣抵达金川门下。

谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。

燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。

当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，处死忠于建文的诸臣，史称“壬午殉难”。

在财政方面，建文朝廷也制定了一些新措施，以减轻前朝某些过重的税收。

其中最重要的是减少了江南的过度的土地税，尤其是减少了富庶的苏州和松江这两个府的土地重税。

这些减税措施是继续了洪武朝即已开始的减免政策，但是它们大大超过了以前的办法。富庶而人口稠密的江南地区自王朝开国以来就被课以重税，从而使这里提供了主要的财源。

原来的税款意在实行惩戒。

1380年4月洪武帝曾下令减税20%，但是即便如此，这里的土地税仍然过于沉重。

例如在1393年，仅苏州一地就得全年交纳281万石粮米，这就是帝国2940万石全部土地赋税的9.5%。这样是太不平等了：苏州仅占帝国登记在册的耕地的1/88。

由于这样过重的苛索，当地人民往往不能交足规定的税额，特别在凶荒年代更是如此；他们抛荒了土地，变成了游民，从而更加加重了纳税居民的负担，同时也减少了每年的税收。

1400年初，朱允炆因有人申诉直隶地区。

他下令按每亩地收一石粮的统一标准在这些府里收土地税。

洪武帝曾经禁止苏州或松江人氏被任命为户部尚书，借此防范出身于这些富庶州府的人们把持财政，偏私家乡，从而牺牲了国库的利益，现在朱允炆也解除了这种禁令。

很可疑的是，这些新措施是否得到了贯彻；到了1400年，建文朝廷已经深深地卷入了和燕王对阵的军事行动之中。

另外一项财政改革是限制佛、道二教寺观所能拥有的免税土地的数量。

这项政策是特别针对佛、道僧侣们在江南富庶州府的情况而发的，因为在洪武帝的庇护下僧道们都攫夺了大量的肥田沃土，从而变成了有权有势的地主。

他们的财富激起了人们的不满，因为宗教界的僧侣职事们不仅享有免除土地赋税和徭役的权利，甚至还把不法负担强加给当地居民，即占用他们的土地，强迫他们给自己服劳役。

朝中的官员上了两份奏疏，请求限制佛教和道教的土地占有数量。

建文帝一改朱元璋重武轻文的倾向，优容文士，提高其品级。

同时“锐意复古”，甚至要实行井田制，对官名、宫名、殿名等仿《周礼》频繁更改，徒增纷扰。

朱标死后蓝玉一案，诛一公、十三侯、二伯，牵连被杀一万五千多人，除耿炳文、郭英等人外，“元功宿将，相继尽矣。”。

朱元璋为能确保皇孙顺利继位，在后期用实战训练出一批新生代优秀将领，既保嫡集团，如：瞿能、平安、盛庸、卜万、庄德、铁铉、徐辉祖、李坚、梅殷、吴高、何福、周兴、刘真、张文杰、房宽、宋晟、钱忠，卢震军、景诚、朱胜、徐祥、陈用、陈亨、周鹗、关忠、王才、耿成、陈玉等人。

相比靖难集团中的燕府将领，建文麾下可谓名将云集。

然相较元功宿将，这些将领虽然有较高的军事素养，但在军中资历稍低且不能服众。

这些将领建文要么弃之不用，要么势穷降燕，少数坚定保嫡且战功卓着者也因统帅失律而战死。

在靖难过程中随着南京方面将领的不断投降，燕方将领越打越多。

《明史》记载朱棣起兵夺位后在永乐时期时期谨慎修边，自宣府至山西都修建了战壕："然帝于边备甚谨，自宣府迤西迄山西，缘边皆峻垣深濠，烽堠相接。"

而在建文时期，同样也进行修边，考古者发现今明长城之北有一条未完工的比现明长城更靠北的明长城，这条遗迹分布从开平、兴和向阴山河北方向延伸的大同镇大边长城，有的学者考证是建文时期修建，后被永乐废弃。

朱允炆即位后，崇尚儒家仁政之说，一改朱元璋严政苛刑，“专欲以仁政化民”。

改定律例，力纠洪武年间冤案、错案，使其统治期间的囚犯较之洪武年间减少2/3。

免除各地拖欠租税，赈灾济民。

令官府为民间卖子为奴者赎身。

限制僧道占田数量，余田均与平民。

建文帝采取的这些措施，缓和了社会矛盾，对社会的安定产生了积极作用，一时政通人和。

……