无人知晓的历史，在混沌与波动混杂之中，出现了一只蛋，这只蛋孵化成阿尔宙斯，其创造了宇宙，而创世之时的碎片则形成了石板，将不同的力量赋予万物。

之后阿尔宙斯创造出帝牙卢卡、帕路奇亚和骑拉帝纳，并令它们分别掌控时间、空间和反物质，同时被创造的还有金刚宝珠、白玉宝珠和白金宝珠。骑拉帝纳因其对物质的破坏而被驱逐到毁坏的世界。帝牙卢卡和帕路奇亚在成功地创造出宝可梦世界之后便返回了自己的世界。

梦幻在这世界上出生，并且广泛地分布于世界各地。

随后便是丰缘的神的诞生，盖欧卡因深海海沟压力而生，固拉多在地底岩浆中诞生，烈空坐因臭氧层的矿物而生，盖欧卡和固拉多因为扩张海洋和陆地发生了旷日持久的战斗，裂空座平息了盖欧卡和固拉多的怒火，两者纷纷回到自己出生之地，进行了长达数亿年的沉睡。

三亿年前，梦幻的数量减少，随之而来的却是史前神奇宝贝的出现，其他神奇宝贝数量的增多。

两亿年前，雷吉奇卡斯移动大陆板块形成各个地区，又从黏土、冰和岩浆中创造出永恒的神奇宝贝：三神柱。

一亿年前，未知原因，史前神奇宝贝大灭绝，鲤鱼王发生变异，变得十分弱小。

某一时刻异世界的神奇宝贝意外进入到地球，在臭氧层的裂空座与其大战，固拉多和盖欧卡也前来助战，最终如今的阿罗拉被作为异世界神奇宝贝的领地而告终。

铁器时代，雷吉奇卡斯和其创造的三神柱被封印。

500年前，以世界之树为交界的两国发生战争，同年一场足以毁灭地球的流行雨向着地球袭来，阿尔宙斯为了保护地球，重伤坠落凡间，并将其中几枚石板赠予收留他的人类，悄然离去。

约150年前，铃铛塔被雷击燃起大火，烧死其中的三只神奇宝贝。洛奇亚飞去漩涡列岛，凤王让这被烧死的三只神奇宝贝复活，然后飞走去寻找拥有纯洁之心的训练家。这三只神奇宝贝就是丰源地区的雷公，炎帝，水君。

同年洛奇亚赐予三岛的三神鸟，能守护三岛的能力，自己回归深海。

约60年前，现代神奇宝贝球在彩虹大学被西野森博士发明出来。

约30年前，大木博士获得石英大赛冠军，在决赛时打败菊子。

约20年前，大木博士加入神奇宝贝研究的工作并成为红莲岛神奇宝贝研究所的一员，同年菊子成为关都地区的四天王之一。

十年前，冠军渡获得常磐之力，从常磐森林出发，对石英联盟发起挑战。

约5年前，大木博士与同事共同研究出神奇宝贝图鉴，并不断完善图鉴内容。

一年前，天才科学家正辉发明出神奇宝贝传输系统，训练家的黄金时期开始了！