谏院
端拱元年（988），虽改左、右补缺为左、右司谏，左、右拾遗为左、右正言，作为谏官，实际上仍只是寄禄官称。真宗曾下诏不兼他职，专司谏职，但兼他职如故，实际担任谏职的不多。因中书省、门下省本身已成为闲散部门，谏官因而没有专门机构。天禧元年（1017），曾下诏建立谏院，实际建院是在明道元年（1032），长官为判、同判谏院事，司谏、正言明令不兼他职者才任谏职，其他官员任谏职者称为知谏院、同知谏院。但谏官常将矛头指向官员而不是皇帝，情形与御史相似，“（御史）台谏合流”。
史台
御史台，以御史中丞为台长，侍御史知杂事为副长官，都以其他官员兼、权，所属御史也以其他官员兼领，御史台下虽有台院（侍御史）、殿院（殿中侍御史）、察院（监察御史）之名，但御史多缺。太平兴国三年（978），才任命监察御史，资浅者称“里行”，如殿中侍御史里行等。景祐元年（1034），三院御史定为六人。天禧初，一度设“言事御史”，也称言事官、谏官御史，任谏官之职。庆历五年（1045），重设言事御史兼谏职。
元丰三年（1080），依唐制重设吏、户、礼、兵、刑、工六案，分察朝廷各行政机构。六名御史中三人分领六察，三人为言事御史担任谏职，兼监察朝廷其他机构。
三省、六部、九寺、五监宋初还大多保有具体职权，但遂渐成为闲散机构。除刑部、大理寺、国子监、司天监、都水监等，还保留大部分职权外，其他省、部、寺、监只剩下一些次要职权或少量杂务，长官通常称判尚书省之类。
馆阁
三馆、秘阁、龙图阁等合称馆阁，所置学士、直学士、待制、修撰、直馆、直集贤院、直阁等，基本上都成为内外文官所带的“职”（贴职），并不实任其职，只是文官的荣誉职名。
三馆中弘文馆因避宋讳改称昭文馆，设大学士，史馆设监修国史，集贤院设集贤殿大学士，由宰相兼任以作为上相、次相、末相之序。史馆只修“日历”，“实录”、《册府元龟》等都在别处修撰；国史、会要则另设编修院修撰，修撰官员多从三馆官员中选任，日历后亦归编修院修撰，三馆实际成为国家藏书馆。太平兴国三年（978），修建新馆，总名崇文院。端拱元年（988），又于崇文院中建“秘阁”，藏天文、占候类书籍及其他真本、秘籍、古画、墨迹等。
龙图阁，咸平四年（1001）建，藏宋太宗所撰诗文等，以后历代都建阁，如天章阁（真宗）、宝文阁（仁宗，附英宗）等共11 阁，只有太祖、钦宗及南宋度宗（含）以后未建阁。
2、北宋中期的元丰官制改革
元丰二年（1079）五月，李清臣上奏指出：“本朝官制踵袭前代陈迹，不究其实，..官与职不相准，差遣与官职又不相准”②，要求进行改革，其后进行官制改革，史称“元丰改制”。
阶官（寄禄官）
元丰三年九月的《以阶易官寄禄新格》，是以原先的“文散官”官称，如开府仪同三司、特进及各种大夫、郎，略加调整增补，编成“阶官”，共24 阶，作为新的文官寄禄官称，以替代原先的省、部、寺、监官名的旧寄禄官称；并废“使相”原有官称为开府仪同三司（仍习称使相），列为文阶官之首。取消文、武散官。
元丰五年五月一日，宋朝廷文官系统正式实行新官制，恢复三省六部及寺、监的职权，使官名与职务相一致，这是以《唐六典》为蓝图制定的，但只改革了朝廷机构和文官系统京朝官的寄禄官称。
宰相和执政
废同中书门下平章事，以尚书、门下、中书三高官官为宰相，但尚书令、侍中、中书令虚设而不任命，以尚书省左、右仆射为左、右相，左仆射兼门下侍郎行侍中之职，右仆射兼中书侍郎行中书令之职，由于取旨拟诏之权在中书省，右相（次相）之权实际上重于左相（首相）。
废参知政事，以门下侍郎，中书侍郎，尚书左丞、右丞为执政（副相）。枢密院以知、同知枢密院事为长官，其他皆废，元祐三年（1088），复设签书枢密院事为低级副长官，均属执政官之列。
对中书（都堂）与三省的改革
元丰改制时，“官制所虽仿旧三省之名，而莫能究其分省设官之意，乃厘旧中书门下（中书、都堂）为三，各得取旨出命，既行，纷然无统纪”①。后改依唐制，定为中书省取旨（草制）、门下省复奏（封驳）、尚书省施行。原“中书门下”的正厅，定为新宰相的办公处兼宰相与执政的议事处，称为“三省都堂”，但仍习称为中书、都堂或政事堂，废原中书五房。
原“中书门下”的东厅，改为门下省，是门下侍郎（执政）处理本省事务的办公处。另在门下省之后建新房，称为门下后省，设吏、户、礼、兵、刑、工等十房，设四名给事中分管及任封驳之职。
原“中书门下”的西厅，改为中书省，为中书侍郎（执政）处理本省事务的办公处。也建中书后省，设吏、户、兵、礼、刑、工等八房；由中书舍人四人掌管并草拟六房诏制（外制）。
尚书省为最高行政机构，长官是左、右仆射为宰相，省务由副长官尚书左丞、右丞（执政）办理。下设左司分管吏、户、礼等房，右司分管兵、刑、工等房，设左、右司郎中、员外郎分治。
对六部、学士院及其他机构的改革
各部长官为尚书，副长官为侍郎，六部各设四司，长官为郎中，资序低的称员外郎。
吏部在唐代只主管文官，现改为通管文武官。高级官员原先由中书（政事堂）任命，现改为三省都堂主管，仍称为“堂除”。吏部所管的实际上只是中、低级官员的任命、考核等。废审官东院为尚书左选，主管文臣京、朝官；废审官西院为尚书右选，主管武臣的诸司副使以上。废流内铨为侍郎左选，主管文臣的“选人”（幕职州县官）；废三班院为侍郎右选，主管武臣的大、小使臣（内殿承制以下）。
户部：废“三司”，其中财政事务归户部尚书及左侍郎；并将变法改革期间，由司农寺主管新法的财政事务，归户部右侍郎，实际上成为“第二户部”，户部尚书不能过问其事。