小学六年级的进藤光为了赚些零用钱，跑到爷爷家里寻宝，偶然翻出了一个旧棋盘。

接触棋盘的一瞬间，附身于棋盘中的平安时代棋士——藤原佐为的灵魂进入了光的体内。佐为将围棋视为生命，在他的熏陶下，小光也逐渐对围棋产生了兴趣。

小光在围棋会所结识了棋坛名人塔矢行洋之子——塔矢亮。为了测试佐为的实力，他贸然与亮对弈，结果小胜对手。他不知道亮的身份，误以为佐为棋力平常，对此深为不满。

然而亮却大受打击，失意至极。数日后，小亮再次向光挑战，虽然他对小光藐视围棋的态度十分气愤，但是无奈再次惨败在佐为手下。

小光应朋友之邀，前往叶濑中学参加校庆活动。他冒充初中生加入叶濑中学团队参加校际围棋赛。在团体赛的决赛中，借助佐为的力量连克强敌，结果叶濑中学力挫名校海王中学，夺得了冠军。

可惜有人揭发小光还是个小学生，因此被大赛取消了名次。不久后，小光升入叶濑中学，并加入了围棋部。

与此同时，小亮也考入了海王中学，为了和小光对局，他专程前往叶濑中学挑战。但是，小光深知自己远远不是小亮的对手，断然回绝了他。

小亮得知进藤光即将参加校际围棋比赛后，为了与他一决高下，不惜自降身份加入海王中学围棋部。

小光发现同年级的三谷佑辉棋艺出众，便邀请他加入围棋部。三谷在围棋会所与大人赌博，并且作弊骗钱，不料反被骗走1万日元。

小光借助佐为的力量，帮助三谷夺回了赌金。在他的不懈努力下，三谷终于同意参加校际围棋团体赛。小亮在得知小光将在团体赛中担任叶濑中学末将后，以退部为要挟获得海王中学末将资格。

围棋大赛上，三谷出任主帅，筒井、小光分别担任二将、三将，光与亮第三次交锋。

在犹豫不决中小光最终决定不依靠佐为亲自与小亮对弈，以了解自己与对手的差距。但由于水平差距悬殊，结果以惨败告终。筒井与三谷也不敌对手，叶濑中学在第二回合便被淘汰出局。小亮对小光的实力大为失望，决意参加职业棋士考试。

暑假，为了帮佐为寻找下棋对手，小光学会网络围棋并化名为sai四处挑战，sai的高超棋艺使其名扬海外。

国际业余围棋赛在日本举行，选手们纷纷询问网上神秘高手sai的真正身份，赛场一片哗然。

小亮之后向sai发起挑战，却惊奇的发现sai的手法与小光如出一辙。为了不影响比赛，小亮果断的中途投降，要求改日再战。

职业棋士考试第一天，小亮不惜放弃首战，如约与sai展开对局。他虽全力以赴步步为营，却无奈佐为的棋艺出神入化，结果再次告负。

小亮怀疑sai的真实身份便是小光，又听说曾有人在网吧见过小光，急忙赶去确认。小光矢口否认自己曾在网上下棋，暗示小亮不要追逐佐为的幻象，并正式向其发出挑战，小亮不屑而去。